富集分析(Enrichment Analysis)是一种统计方法,用于确定一组特定的基因、蛋白质或其他生物分子是否在某个特定的生物过程、途径或功能类别中显著过表达。这种分析常用于高通量实验数据的解释,如基因表达谱、蛋白质组学或代谢组学数据,以揭示实验条件或疾病状态下生物分子的潜在功能和相互作用。 2. 分别阐述GO富集分析和...
那么什么是GSEA? GSEA:基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) ,其基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。基因集合富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化,因...
基因通路富集分析（Pathway Enrichment Analysis）是一种基于基因表达数据进行分析的方法，用于确定在给定的...
富集分析包括通路富集分析Pathway Enrichment Analysis和基因集富集分析Gene Set Enrichment Analysis。ReactomePA的分析内容如下: >>Enrichment Analysis Over-representation analysis Gene set enrichment analysis >>Visualization barplot cnetplot dotplot enrichMap gseaplot upsetplot viewPathway 感兴趣的小伙伴可以试试,而...
基因富集分析(Gene Enrichment Analysis)是一种常用的生物信息学方法,用于解释在基因组或基因集合中出现的显著富集的功能或特定特征。这种分析用于高通量基因表达数据的解释,比如基因芯片数据或RNA测序数据。 基本原理是将感兴趣的基因集与参考基因组或已知的基因功能注释进行比较。这个过程涉及到统计分析,用于确定是否某个...
最后,我们需要进行统计分析,以确定哪些路径在特定条件下显著富集。这可以通过富集度分析(enrichment analysis)或者通路分析(pathway analysis)实现。 三、KEGG分析的价值 通过KEGG分析,我们可以更深入地理解蛋白质的功能和相互作用。例如,我们可以发现在某种疾病状态下,哪些代谢路径被激活或者抑制。此外,我们还可以找到新的...
最后来说说ssGSEA,单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),是GSEA方法的扩展,主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。ssGSEA的方式就是,基于已知通路中的基因,对感兴趣的基因进行打分,然后对所有在这个通路的中的基因的分值进行汇总,得到这条通路的ES分值,然后进行假设检验,判定该通...
基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验,如基因芯片,RNA-Seq,蛋白质组学(质谱结果)的后续步骤。基因富集分析需要我们提供某一类功能基因的集合用于背景,常用的注释数据库如: The Gene Ontology Consortium: 描述基因的层级关系 ...
KEGG enrichment analysis? 把生物体中所有的pathway都要进行富集分析 DO enrichment analysis? 看目标基因是否在某个疾病或某一类疾病当中富集 代码部分 RNA-seq分析中第一步是:fastq ---> bam (tophat2 , hisat2 , star...); 使用cufflink 输入文件是bam; 使用...