kegg=read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors=F)fenshu2xiaoshu2<-function(ratio){sapply(ratio,function(x)as.numeric(gsub("/.*$","",x))/as.numeric(gsub("^.*/","",x)))}enrichment_fold=fenshu2xiaoshu2(kegg$GeneRatio)/fenshu2xiaoshu2(kegg$BgRatio)enrichment_fold=as.numeric(enrichment_...
geneID:输入的分子(经过ID转换后)与对应ID条目内分子的交集的具体的分子 ID。 Count:输入的分子(经过 ID 转换后)与对应ID条目内分子的交集总数。 柱状图: 横坐标:GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,...
首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。 所以,图确实很好看,但是做起来实属不易,目前还没有遇到有现成的绘图软件可以帮我们做这样的图片。那怎么办呢?嘿嘿,让小猎豹来教教大家吧。前面的推文...
根据富集结果,筛选molecular function、biological process和cellular component三个类别中qvalue值前5的GO term,计算第四列的GeneRatio值。 创建一个新的excel表,需要5列内容,如下: type那一列不需要,只是为了方便展示,id这一列的列名可以随意,Description、Qvalue、Count、GeneRatio四列列名必须要一样,顺序无所谓。
geneID：富集到这个pathway的差异基因（ENTREZ ID）；我们可以根据GeneRatio与BgRatio信息手动计算出显著性p...
R语言绘制KEGG气泡图generatio R语言绘制KEGG气泡图  是一种用于描述生物系统功能和嵌入知识的数据库。KEGG气泡图是一种常用的可视化工具,可以用于展示基因、代谢物或其他生物实体在不同分类中的丰度或数量。在本文中,我们将使用R语言绘制KEGG...
y = bquote(~-Log[10]~italic("P-value"))) + geom_text(aes(label = GeneRatio),size ...
# bar plotggplot(data=data) geom_bar(mapping = aes(x=KEGGSubClass, y=GeneCount, fill=KEGGMainClass),stat='identity') coord_flip() theme(aspect.ratio = 1/3) 绘制Bubble Plot: R代码: # bubbles plotggplot(data=data) geom_point(mapping = aes(x=EnrichmentScore, y=KEGGTerm, size=GeneCoun...
以上方法,各有利弊,而GOSemsim(GO semantic similarity)是ClusterProfilers包的作者Y叔开发的计算GO terms,sets of GO terms,gene Cluster语义相似性的包,并且提供上述的五种语义相似计算方法。我在进行GO terms集的相似性分析时,一般采取基于Resnik和Lin两种方法的综合方法,简称为simRel方法,利用REVIGO进行分析,然后基...