GO数据库,全称是Gene Ontology(基因本体),他们把基因的功能分成了三个部分分别是:细胞组分(cellular component, CC)、分子功能(molecular function, MF)、生物过程(biological process, BP)。利用GO数据库,我们就可以得到我们的目标基因在CC, MF和BP三个层面上,主要和什么有关。例如: SRSF1 这个基因的在GO数据库...
2. Gene name。基因名称或别名。 3. Definition KO。KO数据库相关信息。 KEGG ORTHOLOGY(KO),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组。其中Ko编号为KEGG中的基因标识符,不同物种间相同的基因Ko号一样。通路图的框填充浅紫色,框只链接对应的基因。 4. ...
一般GO富集分析后会看到这样的表格,Group列表示GO的三个levels,GO term列表示 GO数据库ID,Decription列表示该GO term的功能描述,Ratio in foreground list列表示富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数,Ratio in background list列表示该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数,P-value是p值,geneID...
其次，GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是两种基因功能数据库。GO侧重于基因的基本功能，如蛋白质结构域和文献研究，提供基因功能的分类信息。而KEGG则更深入，不仅包含基因功能，还涵盖了基因参与的人体生物通路，如SRSF1的例子所示。最后，富集分析作为连接GO和KEGG的...
计算公式为:geneRatio=差异表达基因集的总基因数差异表达基因集中属于该GO条目的基因数 它反映了在特定条件下(如差异表达),某个GO条目在基因集中的富集程度。 富集因子(Enrichment Factor): 富集因子是基因比例与背景比例的比值,用于衡量特定GO条目在差异表达基因集中相对于背景基因集的富集程度。
# Gene Names 列有基因别名,但是多个中的第一个往往是 官方symbol rownames(uniprot2gene) <- uniprot2gene$Entry uniprot2gene["P14678",] # P14678 P14678 SNRPB COD SNRPB1 SNRPB 如:P14678 3、第一个为官方symbol,空格后面的都是别名 4、处理一下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码...
6. Gene data set参数设置,该项进行物种选择,点击GENES data set下的organism list按钮后会显示KEGG收录物种的数据库,如图3所示,我们选择大鼠数据库后,下面的方框中会显示出来,KAAS物种可以进行多选,但是最多只能选择40种。 图3数据库选择界面 7. 最后是两种注释打分方法(BBH (bi-directional best hit)和SBH (si...
GO( Gene Ontology ): 基因本体。生物技术的发展迅速,数据越来越多,不同数据库命名标准不统一,为了解决不同的生物学数据库可能会使用不同的术语的问题,从而基因本体联合会(Gene Onotology Cons事操身边拿坏ortium)开发GO促阳度子谁查草握教督走来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是...
kegg pathway数据是涉及相关通路的注释信息，可能就是你这个gene没有对应的信息而已。如果不肯定结果你...