Description:对应的功能或者通路的名字,详细信息。 GeneRatio:输入的分子与对应ID条目内分子的交集总数/输入的分子与库内(BP、CC、MF 和KEGG 都是分开的注释库)总的有功能注释的分子的交集总数。 BgRatio:对应ID条目内分子总数/库内(BP、CC、MF和KEGG都是分开的注释库)总的...
GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目, 分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表达 分析得到的gene BgRatio:Background Ratio.这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的 基因中有GO注释的gene的数目,这里是19623个,分子是这19623个 gene中注释到这个GO条目上面的gene的数...
GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目, 分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表达 分析得到的gene BgRatio:Background Ratio.这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的 基因中有GO注释的gene的数目,这里是19623个,分子是这19623个 gene中注释到这个GO条目上面的gene的数...
GeneRatio——是富集到该通路上的基因数量与所有输入到富集分析中的基因数量的比值。它反映了在特定基因集合中,与该通路相关的基因所占的比例。 BgRatio——是在整个背景数据集(通常是整个基因组或某个参考数据集)中,与该通路相关的基因数量与背景数据集中所有基因数量的比值。它反映了在整个基因组中,与该通路相关...
ONTOLOGY:区分是BP,MF还是CCID:具体的GO条目的ID号Description:GO条目的描述GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表达分析得到的geneBgRatio:BackgroundRatio.这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的基因中有GO注释的gene的数目,这里是...
GeneRatio:基因列表中富集到该分类的基因比例。 BgRatio:背景基因集中富集到该分类的基因比例。 pvalue:富集分析的p值。 qvalue:p值校正后的q值。 geneID:富集到该分类的基因ID。 总结和建议 通过上述步骤,你可以使用R语言进行GO和KEGG富集分析。这些分析有助于理解基因列表的生物学意义和功能。为了更好地应用这些...
R语言绘制KEGG气泡图generatio R语言绘制KEGG气泡图  是一种用于描述生物系统功能和嵌入知识的数据库。KEGG气泡图是一种常用的可视化工具,可以用于展示基因、代谢物或其他生物实体在不同分类中的丰度或数量。在本文中,我们将使用R语言绘制KEGG...
气泡图的制作相当复杂,如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果,也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。
GeneRatio和BgRatio 分别为富集到该GO条目中的基因数目/给定基因的总数目,以及该条目中背景基因总数目/该物种所有已知的GO功能基因数目 pvalue、p.adjust和qvalue p值、校正后p值和q值信息 geneID和Count,富集到该GO条目中的基因名称和数目 KEGG富集分析结果表如下: ID和Description 分别代表富集到KEGG的ID和描述,...