head(KEGG_result$RichFactor) head(KEGG_result$FoldEnrichment) colnames(KEGG_result) #提取结果前Top20绘图(或自定义所需pathway绘图): top20<- KEGG_result[1:20,] #指定绘图顺序(转换为因子): top20$pathway <- factor(top20$Deion,levels = rev(top20$Deion)) 我们先画一下常规的富集条形图: ###...
基因富集分析(Gene Enrichment Analysis)是一种常用的生物信息学方法,用于解释在基因组或基因集合中出现的显著富集的功能或特定特征。这种分析用于高通量基因表达数据的解释,比如基因芯片数据或RNA测序数据。 基本原理是将感兴趣的基因集与参考基因组或已知的基因功能注释进行比较。这个过程涉及到统计分析,用于确定是否某个...
直接使用barplot或者dotplot来展示top10或者top20，显然是不能满足我们要求的。这个时候需要从原始的包含所...
for(top.number in show.top.number.list){ if( top.number width=12/1.5 height=10/1.5 }else{ width=12*( top.number/20) height=10*( top.number/20) } #2 画图,气泡图 #2.1 气泡图,显示前n项,标题为“Enrichment GO Up-Gene” all.go.dotplot.pdf all.go.dotplot.png plot.title p #scal...
除了MetPA之外,MSEA(Metabolite Set Enrichment Analysis)也支持SMPDB数据库分析,并且与上述富集方法有所不同。 MSEA分析有三种模式,其中ORA(Over Representation Analysis,过度代表性分析)就是上文提到的基于超几何分布检验的传统KEGG富集方法,需要输入一个代谢物集合,这里推荐的是QEA(Quantitative Enrichment Analysis,定量...
2、KEGG分析气泡气泡图如下（显示Pvalue 最小的20个通路）图片说明：图中横坐标Enrichment Score为富集分值，纵坐标为top20的通路信息。气泡越大的通路包含的差异代谢物越多，气泡颜色由蓝红变化，其富集pvalue值越小，显著程度越大。3、KEGG富集分析和弦图 选取listHits大于3，pvalue 最小的10个通路进行KEGG富集...
其中go_enrichment.png是GO富集结果图，选择置信度Pvalue最高的20个绘制通路富集图；GO.Classification.png是GO分类图。KEGG包含以下文件：案例展示 百迈客云平台的GO、KEGG分类富集图绘制小工具得到了许多老师的认可，目前已经有一些老师运用这款小工具发表了文章，比如郑州大学安秀丽老师课题组对四倍体与二倍体芜菁转录...
如果想修改x轴和y轴的label，比如将x轴的richFactor改成Rich factor,将y轴的Term去掉，再加上标题“Statistics of Pathway Enrichment",将Input.number改成Gene_number,将Corrected.P.Value改成qvalue,主题改成theme_bw,我们可以这样操作 p+geom_point(aes(size=Input.number,color=Corrected.P.Value)...
(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high="red")+labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene",x="Pvalue",y="Pathway name",title="Top20 of Pathway enrichment")+theme_bw()write.table(pathway,"simpathway.txt",row.names=F,col.names=T,sep=...
1）从完整的GO富集分析结果种挑选自己感兴趣的GO条目，一般是BP，MF和CC个挑选10条，当然挑选20条也是...