生活娱乐 搜试试 续费VIP 立即续费VIP 会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 其他 kegg and go enrichment analysiskegg and go enrichment analysis 翻译:kegg和go富集分析 ©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
KEGG分析是一种基于KEGG数据库的功能注释和富集分析方法。KEGG数据库是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库,包括代谢通路、分层分类、基因、基因组等。KEGG分析的目的是找出一个基因集合中与某些代谢通路相关的基因,从而揭示基因集合的生物学意义。KEGG和GO的区别主要体现在,GO是一条条的线路(GO term),每...
1.定义与目的：Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）是一种基于基因集的富集分析方法，旨在评估预先定义...
1.利用eval直接做计算 kegg=read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors = F)enrichment_fold=apply(kegg,1,function(x){GeneRatio=eval(parse(text=x["GeneRatio"]))BgRatio=eval(parse(text=x["BgRatio"]))enrichment_fold=round(GeneRatio/BgRatio,2)enrichment_fold}) 2.利用strsplit按/分割成分子和...
图中按照生物学过程(Biological Process),细胞组分(Cellular Component)和分子功能(Molecular Function)三类仅分别展示了Enrichment最大的前10项。 差异信号通路分析 (Pathway分析) 同样先介绍一下KEGG数据库:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes是系统分析基因...
kegg=read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors=F)fenshu2xiaoshu<-function(ratio){sapply(ratio,function(x)as.numeric(strsplit(x,"/")[[1]][1])/as.numeric(strsplit(x,"/")[[1]][2]))}enrichment_fold=fenshu2xiaoshu(kegg$GeneRatio)/fenshu2xiaoshu(kegg$BgRatio)enrichment_fold=as.numeric(...
下面小编给大家介绍三种方法来计算Fold enrichment,任君挑选 1.利用eval直接做计算 代码语言:javascript 复制 kegg=read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors=F)enrichment_fold=apply(kegg,1,function(x){GeneRatio=eval(parse(text=x["GeneRatio"]))BgRatio=eval(parse(text=x["BgRatio"]))enrichment_fold=...
enrichment，那么我们如何计算富集倍数呢？下面我给大家介绍三种方法来计算Fold enrichment，任君挑选 1.利用 eval 直接做计算 2.利用 strsplit 按/分割成分子和分母 3. 利用 gsub 替换，得到分子和分母 参看下面这篇文章获取获取KEGG-enrich.csv GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算
kegg=read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors = F)fenshu2xiaoshu<-function(ratio){sapply(ratio,function(x)as.numeric(strsplit(x,"/")[[1]][1])/as.numeric(strsplit(x,"/")[[1]][2]))}enrichment_fold=fenshu2xiaoshu(kegg$GeneRatio)/fenshu2xiaoshu(kegg$BgRatio)enrichment_fold=as.numeri...
分离出分子和分母通过gsub替换操作，提取出分子和分母的信息要深入了解这些计算方法，可以参考这篇文章获取KEGG-enrich.csv文件中的数据。理解了这些计算方法后，您就可以更准确地解读那三张图的横坐标，它们分别代表Count（数量）、GeneRatio（基因比例）以及Fold enrichment（富集倍数）这三个关键指标。