第一列是基因名称,也就是symbol,第二列是描述性信息,可以都是na,其他列都是不同样本标准化后的表达数据。 对于另外3个格式文件,大家可以参考其他公众号的文章,这里给大家分享一篇:手把手教你GSEA分析。也不用你自己再去搜索了,我再写一遍也没有意义。 第二个文件是表型文件,格式是cls格式文件,此文件可以根据样...
ggplot(data_1)+ geom_point(aes(x=logP,y=Description,size=Count,color=Description))+ scale_color_manual(values = col_bar2)+ theme_test()+ guides(color=F)+ geom_label_repel(aes(x=logP,y=Description,label=Description), size=4,nudge_y = 0.1)+ theme(axis.text.y = element_blank(), ...
ggplot(data_1)+ geom_col(aes(x=Count,y=reorder(Description,Count),fill=pvalue),color='black',width = 0.6) 添加count、颜色、和主题 ggplot(data_1)+ geom_col(aes(x=Count,y=reorder(Description,Count),fill=pvalue),color='black',width = 0.6)+ geom_text(aes(x=Count,y=reorder(Description...
append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ", eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"), fileEncoding = "") GOplotIn_BP<-GO[1:10,c(2,3,7,9)] #提取GO富集BP的前10行,提取ID,Description,p.adjust,GeneID...
_case_target1)#81kk<-enrichKEGG(gene=Drug_case_target1,organism='hsa',#universe = Drug_case_target,pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)kk<-setReadable(kk,OrgDb=org.Hs.eg.db,keyType="ENTREZID")View(kk@result)dim(kk@result)#96 11tmp1<-kk@result[kk@result$pvalue<0.05,]tmp1$Description...
("kegg_abundance.txt", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) # 初始化结果数据框 pathways_df$pathway_name <- NA pathways_df$pathway_description <- NA pathways_df$pathway_class <- NA pathways_df$pathway_map <- NA #获取每个Pathway的详细信息 for (i in 1:nrow(pathways_df)) { pathway_...
type那一列不需要,只是为了方便展示,id这一列的列名可以随意,Description、Qvalue、Count、GeneRatio四列列名必须要一样,顺序无所谓。 再做一个展示图层的excel,作用是区分GO term属于哪个类型: 传到上面网站的KEGG/GO富集作图的模块,手动调整参数(自己多试一下)再加点AI作图,反正比我R做的好一些: ...
2、ue | payhway en try | Show(Hide) description | 这 3 个选项,点击 pathway entry,出现了一个页面,这 个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathwaymap项中点击按钮状的链接 Ortholog table。就进入了 Ortholog table如下的页面:Ortholog tableoOOOia Page: 1 T>Orga nismK0084...
#这里富集出来了,通路很少,可以自己调整P值和Q值的参数,或者在差异基因的筛选条件上放宽一点。Dsecription是对应https://rest.kegg.jp/list/pathway/#另外GeneRatio做成百分比 ekp2 <- read.delim("Ptri_KEGG_test") library(ggplot2) pp<-ggplot(ekp2, aes(GeneRatio, Description)) ...
任找一个代谢通路图,在上方有Pathwaymeue|payhwayentry|Show(Hide)description| 这3个选项,点击pathwayentry,出现了一个页 面,这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathwaymap项中 点击按钮状的链接Orthologtable。就进入了Orthologtable如下的页面: 在这个表中,行与物种对应,3个字母都...