第一列是基因名称,也就是symbol,第二列是描述性信息,可以都是na,其他列都是不同样本标准化后的表达数据。 对于另外3个格式文件,大家可以参考其他公众号的文章,这里给大家分享一篇:手把手教你GSEA分析。也不用你自己再去搜索了,我再写一遍也没有意义。 第二个文件是表型文件,格式是cls格式文件,此文件可以根据样...
ggplot(data_1)+ geom_point(aes(x=Count,y=Description,color=pvalue,size=Count))+ scale_...
sep="\t",header=T)KEGG_relation<-read.table("./file/KEGG_relation.xls",sep="\t",header=T)genes=as.vector(diff[,1])entrezIDs<-mget(genes,org.Hs.egSYMBOL2EG,ifnotfound=NA)%>%
GO_enrich_analysis <- enricher(GO_enrichment_gene,TERM2GENE=GO_background_genes,TERM2NAME=GO_description,pvalueCutoff = 0.01, qvalueCutoff = 0.05) GO_enrich_analysis_data<-as.data.frame(GO_enrich_analysis) for (id in GO_enrich_analysis_data$ID){ if (is.na(GO_enrich_analysis_data[id,...
kk <- enrichKEGG(gene = entrezIDs, organism = "hsa", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 2) enrich_results <- subset(kk@result,pvalue < 0.05) enrich_intersect <- inner_join(KEGG_relation,enrich_results,by=c("terms"="Description")) enrich_intersect$Class1 <- factor(enrich_intersect$...
2、ue | payhway en try | Show(Hide) description | 这 3 个选项,点击 pathway entry,出现了一个页面,这 个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathwaymap项中点击按钮状的链接 Ortholog table。就进入了 Ortholog table如下的页面:Ortholog tableoOOOia Page: 1 T>Orga nismK0084...
_case_target1)#81kk<-enrichKEGG(gene=Drug_case_target1,organism='hsa',#universe = Drug_case_target,pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)kk<-setReadable(kk,OrgDb=org.Hs.eg.db,keyType="ENTREZID")View(kk@result)dim(kk@result)#96 11tmp1<-kk@result[kk@result$pvalue<0.05,]tmp1$Description...
geom_point(aes(x=Count,y=Description,color=pvalue,size=Count))+ scale_color_gradientn(colours = c('red','green'))+ theme_test()+ ylab(NULL) 3、带有标签的气泡图 利用ggrepel中的geom_label_repel函数 #取一个-log10变成一列 data_1$logP<- -log10(data_1$pvalue) ...
其中，N 代表全部基因中具有 KEGG 注释的基因数量，n 代表 N 中差异基因的数量，M 代表 N 中某 ...
#去除Description列中NA行 GO_2_classification<-GO_enrich_analysis_data[!is.na(GO_enrich_analysis_data$Description),] #提取出各二级分类数据 GO_2_classification1<-GO_2_classification[GO_2_classification$Class=="BP",][order(GO_2_classification[GO_2_classification$Class=="BP",]$p.adjust)[1:...