ID :KEGG pathway IDDescription :KEGG Pathway ID 的描述GeneRatio :本次富集实验注释到该 KEGG Pathway 的基因数/本次富集实验注释到 KEGG Pathway 数据库的基因总数BgRatio :基因组中能注释到该KEGG Pathway的基因数/基因组中能注释到 KEGG Pathway数据库的基因总数pvalue :富集P value (本表格中保留 3 位小...
1.1 通路图-map 在以“map”为前缀链接进去的页面主要包括7个模块,“名称(name)”、“通路描述(Description)”、“通路分类(Class)”、“通路图链接(Pathway map)”、“模块(Module)”、“其他数据库链接(Other DBs)”、“相关文章...
1.1 通路图-map 在以“map”为前缀链接进去的页面主要包括7个模块,“名称(name)”、“通路描述(Description)”、“通路分类(Class)”、“通路图链接(Pathway map)”、“模块(Module)”、“其他数据库链接(Other DBs)”、“相关文章链...
Entry、Name为基本信息,Description是这个通路的简介,Pathway是通路图,点击map号可以查看完整的信号通路图 点击map编号进入通路图之后,左上方的Change pathway type 可以选择不同的物种 找到感兴趣的基因和蛋白上下游之后,就可以做后续的研究设计(药物作用靶点、分子对接、湿实验等等)去进一步研究药物和蛋白作用关系 喵学姐...
KEGG description from IDFlorian Hahne
2.1 GO/KEGG绘图小工具 作为富集结果的展示，GO/KEGG气泡图的输入数据为进行GO/KEGG通路富集的结果文件。绘图所需的输入数据中需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"和"p-value"列（详见平台页面右侧的使用说明），示例文件如下；图1 绘图输入的通路富集结果示例文件，一行为一条通路 若在常用...
地址:https://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=map&mapno=00020&mapscale=&show_description=hide 使用过程中切换各种通路类型,比如进入TCA循环 ,可以通过左上角下路菜单来切换: 接下来,我们详细介绍每种通路: 1 参考通路图 (map) 这里以 TCA循环 的通路图为例,进入参考通路图(Reference pathway)...
步骤一：主页面搜索框输入HIF，点击Search。步骤二：点击KEGG PATHYWAY下的map04066进入HIF-1信号通路。界面显示包括通路基本信息（Entry、Name、Description、Class），其中Description为HIF-1信号通路概述。点击Pathway map查看HIF-1信号通路图。参考文献信息包括Reference、Authors、Title、Journal。点击Related ...
在KEGG通路页面中,除了图形化的代谢通路图,还有相关的文字描述部分。这些描述位于通路图下方或通过链接提供,如“Description”、“Pathway menu”中的选项,里面包含了对通路的简介、通路中关键步骤和关键酶的说明等信息。 百泰派克生物科技——生物制品表征,多组学生物质谱检测优质服务商 ...
geom_point(aes(x=Count,y=Description,color=pvalue,size=Count))+ scale_color_gradientn(colours = c('red','green'))+ theme_test()+ ylab(NULL) 3、带有标签的气泡图 利用ggrepel中的geom_label_repel函数 #取一个-log10变成一列 data_1$logP<- -log10(data_1$pvalue) ...