library(clusterProfiler)ego4<-enrichKEGG(gene=na.omit(a2$ENTREZID),organism="hsa",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)ego4@result EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.d...
1在gprofiler网站进行基因ID转换。 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:convert,将要转换的物种基因名列表贴进去,选择相应物种,然后选择输出格式,例如我选择“ENSG”,就是输出ensembl格式的ID。得到附件“基因ID转换.xls” 2. 进入kobas网站“http://kobas.cbi.pku.edu.cn/program...
所以配置文件第一步: 一、这个文件很重要,文件中包含了要展示的基因ID及其表达的蛋白在KEGG数据中的K号。 那么这个基因ID与K号从哪找?一般来说公司给的流程分析结果中可以找到。 二、需要对不同类型的基因(比如上调或者下调)定义在KEGG map图中不同的展示颜色(这个文件最后保存为txt格式)。 因为我们最后想要看到...
cellCycleGO <- names(GO_DATA$PATHID2NAME[grep("cell cycle|DNA replication|cell division|segregation", GO_DATA$PATHID2NAME)]) cellCycleGene <- unique(unlist(GO_DATA$PATHID2EXTID[cellCycleGO])) print(length(cellCycleGene))1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20...
大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命令,把包更新下,或者重新安装。 以下是安装方式 1.本地安装,把相应的包下载在本地,通过本地安装的方式安装 2.在线安装 因为这些包环环相扣,互相依赖,最好包都更新。 如果出现以下提示,请输入1,让他全部更新
PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID PATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME PATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from") colnames(PATH_ID_NAME) <- c("KEGGID", "ENTREZID", "DESCRPTION") head(PATH_ID_NAME) library(mygene) res=queryMany(PATH_ID_NAME$ENTREZID, scopes...
6. A PullResult object (Fig. 2) is returned specifying by their ID which of the entries requested were successfully pulled, which entries failed to be pulled, and which entries timed out. 7. The SinglePull class, with the multi_process_lock_save parameter set to True in the ...
FunctionAnnotation/1.KEGG/Unigenes.KEGG.tax.xls找到其对应的Gene_ID,根据Gene_ID在3-GenePredict/unique_gene.fa文件中寻找其具体的核酸序列信息。下一期会详细和大家介绍如何在KEGG数据库中查找信息,请大家期待!若有问题欢迎在评论区提问~#干货分享 #数据分析 ...
DAVID Gene ID Conversion Tool (DGCT) If a significant portion (>20%) of input gene IDs fail to bemapped to an internal DAVID ID, a specially designed module, the DAVID Gene ID Conversion Tool, will start up to help map such IDs. DAVID Gene Name Batch Viewer 1. The gene name batch...
可以发现,geneID这一列是数字,如果做弦图展示基因和通路,这就很难受,显示的基因不是名称而是数字。 秉承发现问题解决问题,在网上搜索,参考两篇比较有意义的帖子,附在文末。 这里也给出我的解决方案,谢谢上述帖子作者的无私 #将ENTREZID转化为可读的gene symbol(这个就是解决方案) eKEGG <- setReadable(ekegg, ...