进入KEGG官网:https://www.kegg.jp ,可以看到主页由以下几部分构成: KEGG数据库构成 KEGG子库中存储的信息是生物系统的计算机表示形式,由基因和蛋白质(基因组信息)和化学物质(化学信息)的分子部件组成,这些部件的相互作用,反应和关系构成调控网络图(系统信息),除此之外,还包含疾病和药物信息(健康信息)。具体的分类...
KEGG数据库的12大代谢通路分类 最近看到不少文章,从kegg数据库里面的下载了86个代谢通路的1660个基因,然后就针对这些代谢基因集做后续分析。 其实这样的KEGG数据库的12大代谢通路数据挖掘文章很多,其中一个佼佼者是复… 曾健明 如何快速做出高质量KEGG通路图? 当我们通过高通量实验(芯片、测序、IP-质谱)或公开数据库...
KEGG的网址:https://www.kegg.jp/。 KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。进入KEGG官网,它的主页主要由以下几部分构成: KEGG子库中存储的信息是生物系统的计算机表示形式,由基因和蛋白质(基因组信息)和化学物质(化学信息)的分子部件组成,这些部件的相互作用,反应和...
K—Kyoto,E—Encyclopedia,GG—of Genes and Genomes,即基因和基因组百科全书,是一个集成了基因组、化学物质以及其他生物学信息的数据库资源,为研究者提供了丰富的数据与工具。本文将介绍KEGG数据库的内容、特点以及在生物信息学研究中的应用。 KEGG KEGG数据库包含了多个相关数据库,主要包括以下几个方面的内容: 1....
官网为 https://www.kegg.jp/ 1. KEGG数据库 KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。进一步可细分为15个主要的数据库。 KEGG PATHWAY是最核心的数据库之一,该数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络。
在KEGG首页上选择KEGG PATHWAY子数据库。 在点开后的页面往下拉到信号转导通路,相当多了。 找到mTOR信号通路,点进去。圆角矩形文本框中的就是其相关联的信号通路。 我们可以看到,mTOR上游有AMPK、MAPK、Insulin、PI3K-AKT等信号通路,各通路之间又有交互影响。
首先,我们先来简单回顾一下我们常用的PATHWAY数据库功能。 点击“kegg pathway”,将会进入kegg的通路列表,kegg的通路一共可以分为三级,第一级的分类已发展为7大类,增加了Drug Development。第二级为更加具体的分类,而我们通常看富集分析的结果,其中的通路名称其实就是第三级的结果。点击第三级通路,可进入对应的通路...
这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库,全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)。它拥有多个子数据库,包含基因组,生化反应,生化物质,疾病与药物,以及最常用PATHWAY通路信息。 接下来进入KEGG官网:https://www.kegg.jp ,它的主页主要由以下几部分构成:...
KEGG首页-点击“organism”进入物种具体代号查询页面 在search区域中输入物种的拉丁名称 点击“GO”按钮,即可查询得到具体的结果 最后在pathway首页输入“gmx”即可选定物种 点击“GO”得到具体的查询结果,连续选择对应的通路图如下: 绿块:该...