KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库,旨在揭示生命现象的遗传物质与化学蓝图。它是由日本京都大学生物信息学中心的 Kanehisa实验室于1995年建立,是国际最常用的生物信息数据库之一,以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。 KEGG是连接已知分子间相互作用的信息网络,如代谢通路、复合物...
KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并在一至多个 pathway 中发挥作用。而在 KEG...
KEGG Pathway数据库是KEGG最重要的部分之一,收集了大量的代谢通路信息。用户可以通过KEGG Pathway数据库了解代谢通路中的基因、蛋白质和化学反应等。同时,KEGG Pathway还提供了绘制和分析代谢通路的工具,方便用户进行研究。 3.药物研究 KEGG数据库中的KEGG Drug库提供了大量的关于药物的信息,包括化学结构、作用机制和药理...
KEGG数据库具有以下几个主要的组成部分:基因组、基因、通路、化合物和药物、疾病、反应、酶和互动。 基因组部分提供了大量物种的基因组图谱和序列信息。用户可以通过浏览物种树、搜索特定物种或基因来访问所需的基因组数据。 基因部分包含了基因的注释信息和相互作用网络。用户可以查询特定基因或搜索具有特定功能或特征的...
kegg全称kyotoencyclopediaofgenesandgenomes是一个从分子水平信息特别是基因组测序和其他高通量实验技术产生的大规模分子数据库以了解细胞有机体和生态系统等生物系统的高级功能和效用的数据库资源 KEGG数据库介绍 数据挖掘中最后一步往往是KEGG和GO分析,那么KEGG究竟是什么呢? KEGG,全称Kyoto Encyclopedia of Genes and ...
KEGG数据库是一个综合数据库,大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类,共包含了17个主要的数据库。在网页上主要用颜色区分数据库分类。 KEGG PATHWAY数据库中收集了有关新陈代谢、基因组信息过程、环境信息过程的手工及计算机绘制通路图。GENES数据库中收集了所有基因组上基因的信息。LIGAND数据库包含...
KEGG是一个集成数据库资源,包括生物化学途径、疾病信息、药物信息、化学物质和基因组数据。KEGG主要用于理解生物系统的高级功能和实用性,以及生物化学物质的转化。 分析原理 KEGG分析通常关注于代谢途径、信号传导途径等生物途径的富集分析。主要步骤包括: - 途径注释:将感兴趣的基因集映射到KEGG途径。
KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有...