KEGG数据库的使用涉及到以下几个方面的内容:数据源、数据库结构、主要功能和应用、数据访问和使用方法,以及最新的更新和发展趋势。 一、数据源 二、数据库结构 三、主要功能和应用 1.基因注释和功能预测 2.代谢通路分析 KEGG Pathway数据库是KEGG最重要的部分之一,收集了大量的代谢通路信息。用户可以通过KEGG Pathway...
以下是一些常见的使用方法: 1.浏览:用户可以通过浏览不同的数据库部分来获取特定领域的信息。他们可以浏览基因组图谱、代谢通路和与疾病相关的信息等。 2.搜索:用户可以使用KEGG数据库的搜索功能来查找特定的基因、化合物、通路或疾病等。他们可以输入关键词,然后得到与之相关的结果。 3. ID转换:用户可以使用KEGG...
进入网页http://www.genome.jp/kegg/expression/。网页左边是KEGG自身拥有的一些基因表达数据集KEGG EXPRESSION Database。网页的右边KegArray就是要进行芯片分析的工具了。在KEGG EXPRESSION下面,点击“list of experimental data available”,就打开了KEGG中的基因芯片数据,见下图:这是芯片数据的一个目录层次,箭头向右...
下面就首先来讲一下KEGG orthology。任找一个代谢通路图,在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description |这3个选项,点击pathwayentry,出现了一个页面,这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table。就进入了Ortholog table...
1. silva与kegg数据库的介绍 在生物信息学领域,silva和kegg数据库都是非常常用的资源。silva数据库是一个包含原核生物(细菌和古细菌)的核糖体RNA序列信息的综合性数据库,它包含了全球范围内已知的核糖体RNA基因序列和其相关的注释和分类信息。而kegg数据库则是一个整合了生物化学反应、代谢通路和相关基因组学信息的...
KEGG数据库的使用方法与介绍 (转) KEGG 数据库的使用方法与介绍 (转) KEGG 的数据 KEGG 中的 pathway 是根据相关 知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言 格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从 NCBI 等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成 的草图;另外 KEGG 中有一个...
KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有...
KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类...
1、KEGG数据库的使用方法与介绍 (转) KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶...
在 KEGG EXPRESSION 下面,点击“ list of experimental data available”,就打开了 KEGG 中的基因芯片数据, 见下图: 这是芯片数据的一个目录层次,箭头向右和向下分别表示收起和 展开数据。我们以上图中的第一条数据为例,即 Suzuki et al. 做的关 于 Synechocystis PCC6803 冷激响应的一条数据 ex0000012, 点击...