KEGG官网,通路分析,富集分析,数据库,京都基因与基因组百科全书 简介 KEGG,全称“京都基因与基因组百科全书”,英文全称Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。1995年,为了使用计算机预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为,日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立了KEGG。此后,数据库被不断完善,名声...
在Enzyme 与其他数据库的联系中,我们需要重点理解与KO的对应关系。 在1995 年,KEGG 数据库刚开始创建的时候,EC number 主要用来绘制代谢通路图;直到1999 年,提出了Orthology ID的概念,用来取代EC number, 绘制通路图;到2002年,Orthology ID 变成了KO, EC number 就作为KO的属性出现了。那么EC number和 KO之间存...
KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的API。 在biopython中,通过Bio.KEGG模块,对kegg官方的API进行了封装,允许在python环境中使用kegg API。KEGG API与python代码的对应关系如下 /list/hsa:10458+ece:Z5100 -> REST.kegg...
KEGG官网,富集分析,通路分析,数据库,京都基因与基因组百科全书 简介 KEGG,全称“京都基因与基因组百科全书”,英文全称Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。1995年,为了使用计算机预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为,日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立了KEGG。此后,数据库被不断完善,名声...