kegg报错?No gene can be mapped,如何解决? kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错 报错信息如下: 经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了 大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命...
当时报的错是wrong 'species' 今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试...
是的，我库建好了，老师，运行命令是Rscript $scriptdir/eggNOG/kegg_enrich.r -l gene.list -n ...
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。
No gene can be mapped,如何解决? kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错 报错信息如下: 经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了...