1.本地安装,把相应的包下载在本地,通过本地安装的方式安装 2.在线安装 因为这些包环环相扣,互相依赖,最好包都更新。 如果出现以下提示,请输入1,让他全部更新
organism='mmu',keyType="kegg")ReadingKEGGannotation online:-->No gene can be mapped...-->Expected input geneID:-->returnNULL...head(enrich)NULL
KEGG:no gene can be mapped/更新clusterProfiler/R语言安装本地包 前几天做KEGG分析的时候,一直提示“no gene can be mapped”。还以为是差异基因太少,富集不出来。后来发现是我的clusterProfiler版本太低。 (查看clusterProfiler版本的方法:在加载了包的情况下,在console输入“?clusterProfiler”,拖到help页面最下面,...
群友问做KEGG富集分析时显示No gene can be mapped的问题 其实这个我也踩过几次坑,本篇文章写于今年国庆前,重新发一下给有需要的朋友们做下参考。 太长不看版: 建议R>4.3 clusterprofiler>4.7 国庆前尝试对水稻差异基因进行富集分析,当时采用的方法是使用conda下载clusterprofiler,不知道是不是环境中R为4.2.3 此...
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。
gene_names <- names(geneList)[abs(geneList) > 2] kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = gene_names, organism = "hsa", pvalueCutoff= 0.05, qvalueCutoff= 0.2) --> No gene can be mapped... --> Expected input gene ID: --> return NULL...afar...
非模式物种做不了这个分析
Intronic U50 small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene of no protein-coding potential is mapped at the chromosome breakpoint t(3;6) (q27;q15) of human... R Tanaka,H Satoh,M Moriyama,... - 《Genes to Cells》 被引量: 0发表: 2000年 Intronic U50 small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene...
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。