No gene can be mapped,如何解决? kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错 报错信息如下: 经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了 大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命令,把包更...
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。 BiocManager::install...
乍一看这两个包好像干的事情比较类似:GOSemSim使用基因本体(Gene Ontology)中的注释信息来计算功能相似性。而DOSE使用疾病本体(Disease Ontology)来进行疾病的注释和富集分析。一个是基因之间的功能关系,另一个是基因与疾病之间的关系。 再更新一下GOSemSim: devtools::install_github("YuLab-SMU/GOSemSim") 然后...
KEGG:no gene can be mapped/更新clusterProfiler/R语言安装本地包 前几天做KEGG分析的时候,一直提示“no gene can be mapped”。还以为是差异基因太少,富集不出来。后来发现是我的clusterProfiler版本太低。 (查看clusterProfiler版本的方法:在加载了包的情况下,在console输入“?clusterProfiler”,拖到help页面最下面,...
今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个问题。小编又在4.2版本的R里面试了一下。
是的，我库建好了，老师，运行命令是Rscript $scriptdir/eggNOG/kegg_enrich.r -l gene.list -n ...
使用enrichKEGG做通路富集分析时,一直报错:显示No gene can be mapped... k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =1, qvalueCutoff =1) 1. 但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路,即便是网上的数据会更新,也不可能变化的这么大吧,我换了一组基因,出现相同的问题。去...
I am using the enrichKEGG function, but my code, that was working last week does not work anymore. Also the example in the vignette doesn't work anymore: data(geneList, package="DOSE") #Vignette example gene_names <- names(geneList)[abs(...
Reading KEGGannotationonline:Reading KEGGannotationonline:-->No gene can be mapped...-->Expected input gene ID:-->returnNULL...Warning messages:1:In utils::download.file(url,quiet=TRUE,method=method,...):the'wininet'methodisdeprecatedforhttp://andhttps://URLs2:In utils::download.file(url...
kegg和go富集分析,只有基因列表无logFC值,拒绝No gene can be mapped... 4174 1 2:41 App 基因预测药物在线免费网站,DSigDB(药物基因表达数据库)来预测与特定基因相关的候选药物 8798 1 3:43 App 生信分析,TCGA数据库中,基因在乳腺癌分型的表达,TCGA三阴性乳腺癌数据 1.2万 4 1:28:29 App 中文核心简单纯...