根据IP-MS定量数据,在IP实验组中较IP对照组中显著升高的蛋白即被鉴定为靶标蛋白高可信的相互作用蛋白。由于IP实验的富集原理,IP-MS中显著差异蛋白的筛选标准相较常规蛋白质组学通常更高。可以以差异倍数>10,P value<0.01作为相互作用蛋白的筛选标准。 5、常见问题及数据结果评估 在目前较为理想的IP-MS的结果中,...
免疫沉淀(IP)是研究蛋白质相互作用的一种经典技术,而免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后,需要进行IP质谱结果分析才能得出最终的结论。在目前的IP-MS处理中,常以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)为指标对蛋白质进行定量分析,可通过选择更高...
5.做IP/MS实验时,为什么不能跑开条带只送有一条WB条带的去做质谱,而是全部条带打包送质谱? IP/MS是寻找与目的蛋白互作的潜在蛋白,与酵母双杂筛库的作用差不多,送只有一条WB条带去做实验就相当于酵母双杂点对点验证,并不是筛库,因此,需要将所有条带打包送去做实验。 6. 自己做完免疫共沉淀之后,送样进行质...
(11)质谱数据分析:包括定量数据统计,定量数据相关性,差异蛋白筛选,PCA分析,聚类分析,GO和KEGG分析等。 图2 IP-MS实验流程 3、应用文献案例 “CDC48A, an interactor ofWOX2, is required for embryonic patterningin Arabidopsis thaliana”文中,WOX2是一个已知的调节植物胚胎发育相关的重要基因,通过IP-MS找WOX2...
在现代生物学和生物化学研究中,免疫沉淀质谱(IP-MS)技术被广泛应用于蛋白质组学研究。IP质谱数据的分析过程相对复杂,涉及多个步骤和技术细节。以下是一些常见的常见问题及其详细解答,帮助理解如何有效分析IP质谱数据。 1. IP质谱数据分析的基本步骤有哪些?
3. IP组标签的一致性IP组标签不一定要与对照一致，这取决于实验设计，如图1和图5展示了不同实验中的标签选择。重要的是理解实验目的和原理。其他问题解答IP/MS并非都依赖抗原抗体结合，如GST Pull-down是利用GST标签的重组蛋白进行筛选。IP/MS样本送检时，需要送所有条带以全面检测，而非只针对特定条...
例如，IP-MS实验的样本处理过程可能导致蛋白质的损失或交叉污染，影响实验结果的准确性。此外，质谱数据的解析和分析也是一个复杂而繁琐的过程，需要配备专业的生物信息学分析人员。未来，随着技术的不断发展，IP-MS分析将会更加高效、灵敏，同时与其他分析技术相结合，形成更全面、准确的蛋白质相互作用网络。免疫沉淀-...
3. IP组标签要求：免疫沉淀融合蛋白的标签不必与对照蛋白标签一致，如图1和图5的对比。选择标签时，根据实验设计灵活调整。4. GST pull-down与Co-IP的区别：GST pull-down利用的是重组蛋白与目标蛋白的非特异性结合，而非直接的抗体-抗原结合。5. IP/MS样品处理：质谱分析需打包所有条带，以全面探究...
一、网络延迟测试1、工具选择:使用ping命令或专业的网络延迟测试工具,2、测试步骤:Ping命令:在本地计算机上打开命令提示符(Windows)或终端(Mac/Linux),输入“ping [云主机IP地址]”并回车,观察返回的延迟时间(ms),较低的延迟表示网络连接稳定,专业工具:如Spe
关于Co-IP后如何选择验证方法，Western是常用的选择，可直接验证Co-IP结果。然而，这种方法可能面临成本高昂、随机选择互作蛋白效率低等问题。Co-IP MS则能解决这些问题，通过质谱技术鉴定多种已知和未知蛋白与目标蛋白的互作，结合生物学信息分析，提高验证互作蛋白的可能性。质谱技术的准确性与速度使Co-IP...