根据IP-MS定量数据,在IP实验组中较IP对照组中显著升高的蛋白即被鉴定为靶标蛋白高可信的相互作用蛋白。由于IP实验的富集原理,IP-MS中显著差异蛋白的筛选标准相较常规蛋白质组学通常更高。可以以差异倍数>10,P value<0.01作为相互作用蛋白的筛选标准。 5、常见问题及数据结果评估 在目前较为理想的IP-MS的结果中,...
Co-IP则常用于筛选后的蛋白之间的点对点验证，ChIP是用来研究蛋白质与DNA是否在体内存在相互作用，常用来检测转录因子结合位点，RIP用来研究细胞内RNA与蛋白质结合的技术，今天小源将选择IP-MS和Co-IP这两种技术，从原理、实验步骤、如何看结果图以及具体应用这几个角度为大家详细介绍。
免疫沉淀(IP)是研究蛋白质相互作用的一种经典技术,而免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后,需要进行IP质谱结果分析才能得出最终的结论。在目前的IP-MS处理中,常以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)为指标对蛋白质进行定量分析,可通过选择更高...
5.做IP/MS实验时,为什么不能跑开条带只送有一条WB条带的去做质谱,而是全部条带打包送质谱? IP/MS是寻找与目的蛋白互作的潜在蛋白,与酵母双杂筛库的作用差不多,送只有一条WB条带去做实验就相当于酵母双杂点对点验证,并不是筛库,因此,需要将所有条带打包送去做实验。 6. 自己做完免疫共沉淀之后,送样进行质...
在现代生物学和生物化学研究中,免疫沉淀质谱(IP-MS)技术被广泛应用于蛋白质组学研究。IP质谱数据的分析过程相对复杂,涉及多个步骤和技术细节。以下是一些常见的常见问题及其详细解答,帮助理解如何有效分析IP质谱数据。 1. IP质谱数据分析的基本步骤有哪些?
3. IP组标签的一致性IP组标签不一定要与对照一致，这取决于实验设计，如图1和图5展示了不同实验中的标签选择。重要的是理解实验目的和原理。其他问题解答IP/MS并非都依赖抗原抗体结合，如GST Pull-down是利用GST标签的重组蛋白进行筛选。IP/MS样本送检时，需要送所有条带以全面检测，而非只针对特定条...
结论：种种实验结果表明SPX4与PHR2发生直接地相互作用（图3）。咳咳，伯小远敲黑板啦~这里作者验证蛋白互作前后共用了4种方法：1IP-MS：先找到与PHR2相互作用的蛋白是什么；2酵母双杂交：对IP-MS的结果进行验证；3Pull down：验证PHR2与SPX4的体外相互作用；4Co-IP：验证PHR2与SPX4的体内相互作用。作者不仅用...
3. IP组标签要求：免疫沉淀融合蛋白的标签不必与对照蛋白标签一致，如图1和图5的对比。选择标签时，根据实验设计灵活调整。4. GST pull-down与Co-IP的区别：GST pull-down利用的是重组蛋白与目标蛋白的非特异性结合，而非直接的抗体-抗原结合。5. IP/MS样品处理：质谱分析需打包所有条带，以全面探究...
另外在筛选目的蛋白的未知互作蛋白时，大家除了可以用酵母双杂筛库，还可以用IP-MS哦，它不仅可以得到与酵母双杂类似的结果，还具有更多的优势，有关IP-MS的讲解小远除了在往期文章中书写过之外，还专门请了我们的小叶师兄录制了“蛋白互作分析整体解决方案”，大家感兴趣的话可以前往小远的视频号或B站主页进行查看哦...