例如,早期开发出的CRAPome (Contaminant Repository for Affinity Purification)方法及其对应数据库,收录各类IP实验中鉴定到的非特异性背景蛋白,用于进行互作蛋白的筛选,已与当前主流的IP-MS数据分析原则不太适配。此外还有CompPASS (Comparative Proteomic Analysis Software Suite),MiST (mass spectrometry interaction statisti...
数据分析方法概述 在IP-MS方法的应用的发展过程中,许多研究者和课题组分别开发出了各自不同的数据分析方法用于从高通量的质谱鉴定和定量数据中筛选出诱饵蛋白的相互作用蛋白,但其中大多数在当前的研究数据中,已难以达到很好的效果。 例如,早期开发出的CRAPome(Contaminant Repository for Affinity Purification)方法及其对应...
（8）质谱检测：LC-MS/MS检测样品，采集图谱，获得质谱原始数据。（9）质谱数据库检索：分析质谱原始数据，匹配蛋白数据库，获得定性及定量信息。（10）质谱质量评估：评估肽段长度，肽段数目，漏切位点等。（11）质谱数据分析：包括定量数据统计，定量数据相关性，差异蛋白筛选，PCA分析，聚类分析，GO和KEGG分析等。...
IP-MS(免疫共沉淀质谱联用)抗体验证实验数据分析 IP-MS实验蛋白分组 在常规验证实验中,IP-MS实验采用两种不同的抗体进行验证:目标抗体,以及至少一种专门靶向非相关靶标、表征良好的对照抗体。通过质谱法确定各个蛋白的丰度(例如,质谱信号强度),然后针对两种 IP 抗体绘图。蛋白分为三个不同...
免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)原理介绍: 蛋白质相互作用(Protein-Protein Interactions, PPIs)和翻译后修饰(Post-Translational Modifications, PTMs)的数据是能显著提高基础类研究文章档次的必备内容。筛选和发现目的蛋白(target)在细胞中新的互作蛋白或者新的后修饰,免疫沉淀(IP,Immunoprecipitation)结合LC-MS(液相色谱-质...
免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)原理介绍: 蛋白质相互作用(Protein-Protein Interactions, PPIs)和翻译后修饰(Post-Translational Modifications, PTMs)的数据是能显著提高基础类研究文章档次的内容。筛选和发现目的蛋白(target)在细胞中新的互作蛋白或者新的后修饰,免疫沉淀(IP,Immunoprecipitation)结合LC-MS(液相色谱-质谱连...
IP-MS原理分为三个主要步骤:免疫沉淀、核心质谱分析和数据分析。 首先是免疫沉淀。实验开始时,科学家会使用抗体与感兴趣的蛋白结合。这些抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体,具体选择由实际需要决定。然后,这些抗体会与一些介质(如磁珠或琼脂糖)结合,以便后续的分离和富集。此时,生物样本中的目标蛋白也会结合在这些抗体...
(11)质谱数据分析:包括定量数据统计,定量数据相关性,差异蛋白筛选,PCA分析,聚类分析,GO和KEGG分析等。 图2 IP-MS实验流程 3、应用文献案例 “CDC48A, an interactor ofWOX2, is required for embryonic patterningin Arabidopsis thaliana”文中,WOX2是一个已知的调节植物胚胎发育相关的重要基因,通过IP-MS找WOX2...
因此在目前的IP-MS数据分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)作为蛋白定量数据,比较实验组与对照组间蛋白定量差异,与常规定量蛋白质组学数据分析方法类似,只是通常选择更高的差异蛋白筛选阈值。 因此,在目前的IP-MS实验中,通常会选择较为温和的清洗条件,以保留更多的弱相互作用蛋白以及无法避免的背景...
因此在目前的IP-MS数据分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)作为蛋白定量数据,比较实验组与对照组间蛋白定量差异,与常规定量蛋白质组学数据分析方法类似,只是通常选择更高的差异蛋白筛选阈值。 因此,在目前的IP-MS实验中,通常会选择较为温和的清洗条件,以保留更多的弱相互作用蛋白以及无法避免的背景...