在IP-MS方法的应用的发展过程中,许多研究者和课题组分别开发出了各自不同的数据分析方法用于从高通量的质谱鉴定和定量数据中筛选出诱饵蛋白的相互作用蛋白,但其中大多数在当前的研究数据中,已难以达到很好的效果。 例如,早期开发出的CRAPome (Contaminant Repository for Affinity Purification)方法及其对应数据库,收录各类...
因此,在目前的IP-MS实验中,通常会选择较为温和的清洗条件,以保留更多的弱相互作用蛋白以及无法避免的背景蛋白和非特异性结合蛋白,之后基于定量蛋白质组学数据,即质谱检测获得的蛋白定量矩阵,通过实验组与对照组的蛋白定量比较筛选高可信的蛋白相互作用,过滤背景蛋白和非特异性结合。 2、数据分析方法概述 在IP-MS方法...
因此在目前的IP-MS数据分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)作为蛋白定量数据,比较实验组与对照组间蛋白定量差异,与常规定量蛋白质组学数据分析方法类似,只是通常选择更高的差异蛋白筛选阈值。 数据预处理 质谱检测获得的原始谱图数据经过搜库软件的解析可获得各个样品中蛋白的相对定量信息。基于目前质...
1.样品制备：将样品进行蛋白质提取和消化，得到蛋白质片段。2.质谱分析：将蛋白质片段通过质谱仪进行离子化，并测量离子的质量和相对丰度。3.数据分析：通过与数据库比对，确定蛋白质的身份和相对丰度。IP和质谱方法在蛋白质组学研究中都有其独特的优势和局限性。下面将对它们进行比较：1.富集特异性 IP方法通过选择...
在后期的结果分析中,通常需要结合Pubmed、UniProt、STRING等数据库来辅助分析。 百泰派克生物科技结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统,提供专业准确的蛋白胶点、胶条以及IP样品,CO-IP样品蛋白鉴定服务。可鉴定的样品包括但不限于:1D-SDS PAGE分离的蛋白胶条,2DE PAGE中的蛋白胶点,蛋白表达产物,免疫共沉淀(Co...
免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)原理介绍: 蛋白质相互作用(Protein-Protein Interactions, PPIs)和翻译后修饰(Post-Translational Modifications, PTMs)的数据是能显著提高基础类研究文章档次的必备内容。筛选和发现目的蛋白(target)在细胞中新的互作蛋白或者新的后修饰,免疫沉淀(IP,Immunoprecipitation)结合LC-MS(液相色谱-质...
若结果中蛋白的Fold Change和Intensity明显低于靶蛋白的Fold Change和Intensity则说明实验结果正常，若两项指标高于靶蛋白数值，则需考虑非特异性结合。在后期的结果分析中，通常需要结合Pubmed、UniProt、STRING等数据库来辅助分析。百泰派克生物科技结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统，提供专业准确的蛋白胶点、胶...
IP-MS原理分为三个主要步骤:免疫沉淀、核心质谱分析和数据分析。 首先是免疫沉淀。实验开始时,科学家会使用抗体与感兴趣的蛋白结合。这些抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体,具体选择由实际需要决定。然后,这些抗体会与一些介质(如磁珠或琼脂糖)结合,以便后续的分离和富集。此时,生物样本中的目标蛋白也会结合在这些抗体...
联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告,报告内容包括(见文末服务配置表):IP-MS实验效果和数据质量评估结果、高可信度互作蛋白列表和可用于辅助筛选关键互作蛋白的注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析、筛选和互作网络构建、结合公开蛋白互作数据库挖掘信息筛选互作网络关键节点互作动态分析等内容...
蛋白质组学是研究生物体内蛋白质的种类、数量、结构和功能的一门学科。在蛋白质组学研究中,常常需要对样本中的蛋白质进行富集和分析。其中,免疫沉淀(Immunoprecipitation,简称IP)和质谱(Mass Spectrometry,简称MS)是两种常用的方法。本文将对这两种方法进行比较,并深度解读它们在蛋白质组学样本中的应用。