Python interface to the MRC IEU OpenGWAS API. Contribute to MRCIEU/ieugwaspy development by creating an account on GitHub.
打开R,输入usethis::edit_r_environ(),然后在弹出的界面里将你的Token复制到里面,不需要加引号。前面加上 OPENGWAS_JWT=,完成后保存并重启R。 验证设置 🔍 最后,运行以下代码:ieugwasr::get_opengwas_jwt()。如果返回了Token,就证明设置正确。 开始MR分析 🚀 完成以上步骤后,就可以开始愉快的进行MR分析...
docker-compose-oci-api.yml docker-compose-oci-services.yml docker-compose-test.yml docker-compose.yml query-logs.md test.sh MRC-IEU OpenGWAS API Source code for backend ofhttps://gwas.mrcieu.ac.uk/. Seeherefor more details. Elsworth B, Lyon M, Alexander T, Liu Y, Matthews P, Hallett...
访问[opengwas api网站](api.opengwas.io/)。 若用微软邮箱,点击“sign in with microsoft”,登录注册好的outlook邮箱;若用GitHub账号,点击相应登录选项,输入账号密码登录。 登录成功后,点击“generate a token”生成token,生成后需在蓝色框的value部分复制完整的token并保存。 1. 从暴露中提取SNPs。 若使用预clum...
502状态,这段时间IEU的后台服务器一直无人维护,使用异常艰难,所以医工科研团队想尽办法解决各种IEU服务导致的问题(就像打怪兽一样,出来一个,消灭一个),开创性的开发了团队独有的,且中国唯一一个可在线提取数据库---云上GWAS在线数据提取系统。 当前IEU上还是存有大量的在线数据可以使用,虽然大部分数据已经很旧,但...
ieugwasr:与IEU GWAS数据库API的R接口 在R中针对完整的GWAS摘要数据的海量数据库执行快速查询 包含10,000多个经过整理,QC和统一的完整GWAS摘要数据集,可以使用API进行查询。 有关API本身的文档,请参见。 这个R包是对API进行通用调用的包装器,还有用于特定查询的便捷功能。 当前实施的方法: 获取有关特定或...
TheOpenGWAS databasecomprises over 50,000 curated, QC'd and harmonised complete GWAS summary datasets and can be queried using an API. Seeherefor documentation on the API itself. This R package is a wrapper to make generic calls to the API, plus convenience functions for specific queries. ...