(2)利用IEU GWAS database中的GWAS VCF文件 # 下载低密度脂蛋白和冠心病的GWAS VCF文件并存放到R工作目录中,可参考下面链接(请自行复制到浏览器打开) https://gwas.mrcieu.ac.uk/files/ieu-a-300/ieu-a-300.vcf.gz https://gwas.mrcieu.ac.uk/files/ieu-a-300/ieu-a-300.vcf.gz.tbi https://gwas...
还有大量最新野生GWAS结果未被收录到IEU GWAS database。同时,如果研究人员已先行进行了对某个新表型的GWAS分析,也存在后续进行MR分析的需求。 对于尚未被IEU GWAS database收录的GWAS表型,无论是作为exposure还是outcome,普通TwoSampleMR中的三行代码分析流程已不再适用,需要我们自行清理本地GWAS结果以匹配TwoSampleMR...
那么接下来我们来演示一下直接使用TwoSampleMR包对接IEU数据库,其实只需要下面一句代码即可: exposure_dat<-extract_instruments("ieu-a-2")#提取工具变量-暴露因素 至此,获取GWAS数据以及如何整理就给各位小伙伴介绍到了这里,当然很多数据库其实可能数据彼此不一样,但是我们只需要...
在GWAS ID后面的框里输入ieu-a-2,然后点击Filter,在出来的结果中点击ieu-a-2这个结果: 就可以来到下载界面,点击Download VCF即可下载暴露数据的完整的GWAS数据: 下载结局数据也是完全一样的流程,就不重复演示了。我这里为了和前面的在线获取进行比较,结局也选择的是ieu-a-7。 两个数据都下载后是这样的: 这样一...
使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www.ebi.ac.uk/gwas/search?query=breast%20carcinoma)，但是没有IEU的全面。GWAS Catalog更新的要比IEU...
IEU数据库中有的GWAS数据不能下载可能是因为数据隐私政策限制、数据版权问题、数据质量问题、数据更新延迟、数据格式不兼容。其中,数据隐私政策限制是一个重要原因。许多GWAS研究涉及到参与者的基因组数据,这些数据可能包含个人敏感信息。为了保护参与者的隐私,研究机构或数据库管理方可能会对数据的访问权限进行严格控制,只...
组织蛋白酶:是在各种动物组织的细胞内(特别是溶酶体部分)发现的一类蛋白酶,是半胱氨酸蛋白酶家族的主要成员,与人类肿瘤、骨质疏松及关节炎等多种重大疾病密切相关。 背景:骨坏死是一种导致关节功能严重受限的骨科疾病,其发病机制涉及多种风险因素。组织蛋白酶作为一类在骨代谢中起关键作用的酶,其活性与骨细胞的增殖...
运行gwasinfo("ieu-a-2"),检查其输出是否为一个或多个数据框。 如果输出不是数据框,或者输出格式不正确,这将导致dplyr::bind_rows()函数无法正确处理。 调试并修正gwasinfo("ieu-a-2")函数中导致错误的部分: 如果gwasinfo("ieu-a-2")的输出不是数据框,你需要修改该函数以确保其输出为数据框。 如果输出...
R interface to the IEU GWAS database API. Contribute to MRCIEU/ieugwasr development by creating an account on GitHub.
Polycystic Ovary Syndrome (PCOS) is a prevalent endocrine and metabolic disorder. Research suggests a potential link between certain micronutrients and PCOS development, but the exact cause-and-effect relationship is unclear. This research utilizes data from extensive genome-wide association studies (GWAS...