(1) 利用IEU GWAS database中的GWAS ID #读取R包 ``{r} suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings({ library(gwasglue) library(dplyr) library(gassocplot) library(coloc) })) ``` # 首先找到一个已知与低密度脂蛋白胆固醇相关的区域 to
以低密度脂蛋白胆固醇（LDL）与冠心病为例，利用IEU GWAS数据库中的GWAS ID，通过特定步骤进行共定位分析，结果中PP.H4.abf列显示了这两种表型共有的因果变异的后验概率，达到99.7%，进一步证实了低密度脂蛋白对冠心病的因果效应。此外，另一种方法是利用IEU GWAS数据库中的GWAS VCF文件进行共定位分析。
那么接下来我们来演示一下直接使用TwoSampleMR包对接IEU数据库,其实只需要下面一句代码即可: exposure_dat<-extract_instruments("ieu-a-2")#提取工具变量-暴露因素 至此,获取GWAS数据以及如何整理就给各位小伙伴介绍到了这里,当然很多数据库其实可能数据彼此不一样,但是我们只需要...
library(usethis) library(ieugwasr) library(TwoSampleMR) Sys.setenv(OPENGWAS_JWT="令牌号") #建立ieu和github之间的联系,令牌网址 IEU OpenGWAS projectBMI<-extract_instruments(outcomes= c(…
打开以下网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/ ,点击datasets: 先找暴露数据的SNP。 在GWAS ID后面的框里输入ieu-a-2,然后点击Filter,在出来的结果中点击ieu-a-2这个结果: 就可以来到下载界面,点击Download VCF即可下载暴露数据的完整的GWAS数据: 下载结局数据也是完全一样的流程,就不重复演示了。我这里为了和前面...
IEU数据库中有的GWAS数据不能下载可能是因为数据隐私政策限制、数据版权问题、数据质量问题、数据更新延迟、数据格式不兼容。其中,数据隐私政策限制是一个重要原因。许多GWAS研究涉及到参与者的基因组数据,这些数据可能包含个人敏感信息。为了保护参与者的隐私,研究机构或数据库管理方可能会对数据的访问权限进行严格控制,只...
使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www.ebi.ac.uk/gwas/search?query=breast%20carcinoma)，但是没有IEU的全面。GWAS Catalog更新的要比IEU...
组织蛋白酶与骨坏死：FinnGen和IEU,OpenGWAS数据库欧洲样本分析的借鉴意义 文题释义：孟德尔随机化：是流行病学研究中评估病因推断的数据分析技巧，它是利用与暴露因素具有强相关的遗传变异作为工具变量，来评估暴露因素与结局之间的因果关系。组织蛋白酶：是在各种动物组织的细胞内(特别是溶酶体部分)发现的一类蛋白酶，...
Polycystic Ovary Syndrome (PCOS) is a prevalent endocrine and metabolic disorder. Research suggests a potential link between certain micronutrients and PCOS development, but the exact cause-and-effect relationship is unclear. This research utilizes data from extensive genome-wide association studies (GWAS...
MRC-IEU OpenGWAS API Source code for backend ofhttps://gwas.mrcieu.ac.uk/. Seeherefor more details. Elsworth B, Lyon M, Alexander T, Liu Y, Matthews P, Hallett J, Bates P, Palmer T, Haberland V, Davey Smith G, Zheng J, Haycock P, Gaunt TR, Hemani G. The MRC IEU OpenGWAS ...