和TCGA类似, ICGC中中丰富的肿瘤基因组学数据,也是一个可以进行深入分析与挖掘的宝藏。
ICGC (https://dcc.icgc.org/), 全称International Cancer Genome Consortium(国际癌症基因组联盟)。这个数据库和TCGA的关系,就是ICGC数据库包括了TCGA的数据。另外呢,ICGC也纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据。所以如果使用ICGC进行检索的话,我们可以得到更多的数据。 ICGC是一个储存原始数据的地方,我们只需要...
ICGC是国际肿瘤基因组协作组。以下是关于ICGC的详细解析：宗旨：致力于揭示全球范围内的多种癌症背后隐藏的基因组奥秘，以减轻人类疾病负担。数据规模：汇集了来自亚洲、大洋洲、欧洲、北美和南美17个区域的89个科研项目的精华，囊括了大约25,000个癌症基因组的深度洞察。数据内容：包含了50种不同癌症类型的...
https://icgcportal.genomics.cn/。 进入主页后可以看到网站主要有五个功能模块,分别为Cancer Projects、Advanced Search、Data Analysis、DCC Data Releases、Data Repositories。小伙伴可以根据自己的需求自行选择不同的模块进行使用。 2、数据查询与下载 在这里呢小果以肝癌(LIHC)为例,进行数据的查询,然后下载对应的临...
ICGC数据库使用 TCGA是不错的癌症研究数据资源,但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟,有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or ...
ICGC 的表达数据并不是表达矩阵。导入后如图 6,所以需要整理成表达矩阵。表格中有 normalized_read_count 和 raw_read_count,主要我不知道它标准化的数据是 FPKM 还是 TPM,所以统一从 count 矩阵来,最后再转换便是。 图6 exp <- unique(exp_seq[,c("icgc_donor_id","gene_id","raw_read_count")]) co...
https://dcc.icgc.org/icgc-in-the-cloud/aws Managed By International Cancer Genome Collaboratory See all datasets managed byInternational Cancer Genome Collaboratory. Contact dcc-support@icgc.org How to Cite ICGC on AWS was accessed onDATEfrom https://registry.opendata.aws/icgc. ...
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
点击“Download Donor Data”，弹窗中选择全部下载。下载后获得5个文件，其中红框标记的是预后信息和RNA表达信息。三、R语言处理RNA表达数据 ICGC表达数据并非表达矩阵，导入数据后如图所示。需整理成表达矩阵。数据中包含normalized_read_count和raw_read_count，但不确定标准化后是FPKM还是TPM。因此，以...
国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,简称"ICGC")近日向科研界公布了超过1万个癌症基因组的数据。这些数据能更好地帮助全世界的癌症研究者从基因方面了解癌症,加快对癌症的研究并帮助更多癌症靶向治疗的发展。 安大略癌症研究所所长兼科学总监、国际癌症基因组联盟创始人之一TomHudson医生说:"GLOBOCA...