ICGC (https://dcc.icgc.org/), 全称International Cancer Genome Consortium(国际癌症基因组联盟)。这个数据库和TCGA的关系,就是ICGC数据库包括了TCGA的数据。另外呢,ICGC也纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据。所以如果使用ICGC进行检索的话,我们可以得到更多的数据。 ICGC是一个储存原始数据的地方,我们只需要...
1.进入ICGC主页,在快速搜索框中输入LIHC,点击Search,数据库就会自动帮助我们检索所有关于LIHC的信息。 2.查看查询结果,选择需要的数据点击进行查看,在这里小果选择查看LIHC整个项目。 点击LIHC项目条目后,进入到LIHC项目中,可以看到整个项目的数据的概况,如下图 3.在Available Data Types目录下, 点击查看Clinical Data...
ICGC全称是International Cancer Genome Consortium (国际癌症基因组联合体)。其旨在发起和协调⼤量的研究项⽬，其共同⽬标是全⾯阐明导致全球⼈类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。ICGC的主要⽬标是在全球范围内具有临床和社会重要性的50种不同癌症类型和/或亚型的肿瘤中⽣成全⾯的基因组异常（体...
一、ICGC 网站简介 二、查找下载数据 三、R 语言处理 RNA 表达数据 做肿瘤相关生信分析的小伙伴都知道 TCGA 和GEO,而 ICGC(International Cancer Genome Consortium)数据相比 TCGA 数据少了很多。有不少文章也用到了 ICGC 的数据,用来作为一个独立的数据来源,补充验证 TCGA 和 GEO 的数据建立的模型。 目前ICGC ...
一.数据下载: 1.进入ICGC官网(https://dcc.icgc.org/),如下图点DCC Data Releases 2.按下图的指示,点进current 3.进入Projects,然后显示如下页面,里边包含很多肿瘤,挑选自己的研究领域并点进去,这里以PACA-CA为例。 4.下载如下数据:(1)donor.PACA-CA.tsv.gz捐赠人...
ICGC数据库使用 TCGA是不错的癌症研究数据资源,但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟,有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or ...
为了满足大家的分析需求,今天,我们又上线了ICGC数据,它同样是大家用的比较多的肿瘤数据库,收集50种超过25000个样本的,包括基因表达数据,体细胞突变和临床数据等,所以是对TCGA数据库很好的补充。 本次我们整理收录17个具有表达矩阵的数据集和46个突变数据集以及这些数据相应临床信息,不仅包含乳腺癌、肝癌,还有恶淋、...
ICGC数据库使用教程
顶一下，感谢楼主分享 发自小木虫Android客户端
ICGC数据库包含50种不同癌症类型(或亚型)的肿瘤数据,其中包括基因异常表达、体细胞突变、表观遗传修饰和临床数据等。如果你发现一般的癌症基因组数据库无法满足你的需求,可以试试用这个数据库作为数据来源进行验证,以补充TCGA和GEO数据分析建立的模型。 🔧 数据访问和使用 进入ICGC数据门户网站后,你可以看到五个主要...