1.数据下载 https://dcc.icgc.org/ https://dcc.icgc.org/releases/current/Projects 找到自己要的项目下载即可。以RECA-EU为例。 exp_seq.RECA-EU.tsv.gz specimen.RECA-EU.tsv.gz 2. 整理表达矩阵 rm(list=ls())library(tidyverse)dat=data.table::fread("exp_seq.RECA-EU.tsv.gz",data.table=F)...
一.数据下载: 1.进入ICGC官网(https://dcc.icgc.org/),如下图点DCC Data Releases 2.按下图的指示,点进current 3.进入Projects,然后显示如下页面,里边包含很多肿瘤,挑选自己的研究领域并点进去,这里以PACA-CA为例。 4.下载如下数据:(1)donor.PACA-CA.tsv.gz捐赠人...
图1 ICGC 网站界面 从主页界面上我们可以看到,网站主要有五个功能模块,分别是“Cancer Projects”、“Advanced Search”、“Data Analysis”、“DCC Data Releases”、“Data Repositories”。其中 Data Analysis 提供了四种比较初级的分析(图 2)。如果是用 R 语言自己下载数据做一些个性化分析,一般来说找数据用 Advan...
TCGA数据的下载有很多种方式,包括官网、替代网站、R包下载等等。从官网直接下载数据,主要有两种方式:通过网页界面在购物车中直接下载,或者借助官方小工具gdc-client下载。 1)GDC网站界面搜索 2)直接网页下载 3)GDC-Client工具下载 ICGC测序数据下载 ICGC(国际肿瘤基因组协会)成立于2007年,旨在开展和协调全球的众多肿瘤...
安装icgc-get github链接:https://github.com/icgc/icgc-get 克隆仓库,然后运行pip install -r ./requirements.txt 再运行pyinstaller --clean icgc-get-data.spec得到可执行文件(位于dist目录下) ICGC的数据存储在不同的repository中,不同的仓库有不同的下载工具,所以当在ICGC上搜索到想要下载的数据后,确定其仓库...
通过表格确认是否有预后信息。点击“Download Donor Data”，弹窗中选择全部下载。下载后获得5个文件，其中红框标记的是预后信息和RNA表达信息。三、R语言处理RNA表达数据 ICGC表达数据并非表达矩阵，导入数据后如图所示。需整理成表达矩阵。数据中包含normalized_read_count和raw_read_count，但不确定标准化后...
在网站上直接搜索基因的名称，跳转到突变信息那个页面即可， 以TP53为例：https://dcc.icgc.org/genes/...
https://icgcportal.genomics.cn/。 进入主页后可以看到网站主要有五个功能模块,分别为Cancer Projects、Advanced Search、Data Analysis、DCC Data Releases、Data Repositories。小伙伴可以根据自己的需求自行选择不同的模块进行使用。 2、数据查询与下载 在这里呢小果以肝癌(LIHC)为例,进行数据的查询,然后下载对应的临...
ICGC数据库(https://daco.icgc.org/),即国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium),数据库中收集了50种不同癌症类型或不同亚型的肿瘤数据,其中包括基因表达数据,体细胞突变数据(单核苷酸突变和拷贝数变异),以及相关的临床数据等。并且其中同样囊括了TCGA数据库和TARGET数据库中的相关数据。因此,我们...
TCGA，即癌症基因组图谱计划，提供大量癌症样本数据，如基因组、表观基因组等，对癌症研究和治疗有重大贡献。从官网下载TCGA数据，可通过网页界面或gdc-client工具，包括直接搜索下载和工具下载两种方式。ICGC，国际肿瘤基因组协会，目标是全球协作研究，收集和分析肿瘤基因组数据。原始数据下载有限，主要在Data...