htseq-count计数 reads的计数定量主要可分为三个水平:基因水平、转录组水平、外显子水平。 在基因水平上,常用的软件为HTSeq-count,featureCounts,BEDTools, Qualimap, Rsubread, GenomicRanges等。以常用的HTSeq-count为例,这些工具要解决的问题就是根据read和基因位置的overlap判断这个read到底是谁家的孩子。值得注意的...