-n: 按照序列名进行排序 -o: 后跟输出文件的名称,如果缺乏此参数则输出到标准输出 -O: 规定输出格式 input_name.bam: 输入文件的文件名 2. 用htseq-count对比对文件进行计数(htseq-count) htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union input.bam path/gtf > counts....
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m intersection-nonempty yourfile_name.bam ~/reference/hisat2_reference/Homo_sapiens.GRCh38.86.chr_patch_hapl_scaff.gtf > counts.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 # 命令参数 -f | --format default: sam 设置输入文件的...
# -f 输入文件格式sam,bam # -r 输入文件的排序方式 # --stranded no 链特异性 # --minaqual 10 错误率为1% # --type exon 指定GTF注释中的要素类型 # --idattr gene_id 输出文件的行名 # --mode union 数count的模式 # --nonunique none 对未唯一对齐或分配不明确的reads的计数,全部不要 # -...
-o NAT-RNA_combined_clean_sort.bam >NAT_sort.log 2>&1& bam排序结果,文件相对未排序结果会变小 3、htseq-count计数 #-f 输入的比对结果文件格式#-s 建库是否是链特异性#-r 双端测序结果排序根据name或者pos排序#-i 作为特征id的值,gtf文件默认gene_id#-m reads比对三种类型,分别为union,intersection-...
如果一个read部分落在某个基因/区域内,那么会根据不同的算法来分配一个fractional count给基因/区域。 5.输出:HTSeq将计算后的counts输出为一个表格或者文件,其中每一行代表一个基因/区域,每一列代表一个样本,每个单元格的值为对应基因/区域在该样本中的counts。 总之,HTSeq通过解析对齐文件,并根据用户定义的基因...
htseq-count的输⼊⽂件 输⼊为sam格式的⽂件，如果是paired-end数据必须按照reads名称排序（sort by name）。官⽅推荐了msort，不过我⽤起来感觉不是很⽅便（也可能是使⽤⽅法不当），于是我采⽤了samtools先对bam⽂件（tophat2的输出结果为bam）排序，再转换为sam。命令：samtools sort -n ...
这样得到的三个sam文件特别大,bam文件是sam的二进制文件才三五个G,到了sam格式就是十几二十个G了,其实完全没必要自己把它转为sam文件,因为htseq有个参数-f可以控制输入格式是bam文件。 三:运行命令 官方的Usage:htseq-count [options] <sam_file> <gff_file> ...
> /media/sf_/data/fastq/count/ERR1698"$i".count # 自定义输出文件 done 参数详解 -f # 设置输入文件格式,可以是bam或者sam -s # 设置是否是链特异性测序,设置no每一条reads都会和正义链和反义链进行比较 保存运行以后发现这个程序只能分配一个线程(也可能是我没找到分线程的方法),所以可以根据电脑内核数...
htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件,作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果,而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用htseq-count计数。 htseq-count的输入文件 输入为sam格式的文件,如果是paired-end数据必须按照reads名称排序(sort by name)。官方推荐了msort...