自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htseq-qa(质量分析)。 这里需要注意的是HTSeq作为read counts的计数软件,承接的是上游比对软件对于clean data给出的比对结果即bam文件(由sa...
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用fe...
在BAM文件,包含了比对上的reads和没有比对上的reads, 只有比对上的reads 会用来计数,htseq-count默认会根据mapping的质量值对BAM文件进行过滤,默认值为10, 意味着只有mapping quality > 10的reads才会用来计数,当然可以通过-a参数来修改这个阈值。 能够明确reads属于一个featurer时...
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 −MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 743 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 ...
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 −MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 743 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 ...
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union –nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量...