自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htseq-qa(质量分析)。 这里需要注意的是HTSeq作为read counts的计数软件,承接的是上游比对软件对于clean data给出的比对结果即bam文件(由sa...
htseq-count -r name /data12/dev/users/guoh/work/yeast_RNASeq_excerpt.sam /data12/dev/users/guoh/work/Saccharomyces_cerevisiae.SGD1.01.56.gtf 或者直接 htseq-count 目标文件路径 如果想要知道read某个基因的列 写一个类似下面的脚本用一个循环处理多个文件 生成文档、txt.slsx....
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用fe...
-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 − MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 739 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 2019-12-10 09:...
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 −MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 740 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 ...
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union –nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量...