大致是两种思路,第一种是先将count数的数据整理到一个表中,在R中导入data,修理成deseq2需要的形式,构建dds对象使用DESeqDataSetFromMatrix函数,网上有官方详细教程,非常清楚。 第二种我觉得网上的教程不是很清楚。得到包含count数的文件夹后,不用汇总到一个表,另外准备一个包含文件名的表格,构建dds对象时候使用DE...
RNA seq pipeline designed for paired end reads using HTSEQ for producing files needed for visualizing transcriptomic data with DESEQ2 rna-seqrna-seq-analysishtseqrna-seq-pipelinehtseq-count UpdatedOct 16, 2023 Shell Attempt at snakemake pipeline. Pyflow was forked fromhttps://github.com/crazyhot...
HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 htseq-count的设计思想和featurecounts非常类似,也包含了feature和meta-features两个概念。对于转录组数据而言,feature指的是exon, 而meta-feature可以是gene, 也可以是t...
由于FPKM与RPKM的唯一差别在于前者在reads map上的情况下只计数1,而后者会计数2;所以两者的公式其实是一样的: FPKM= read counts / (mapped reads (Millions) * exon length(KB)) 在转录分析时,如果是有参分析,一般使用htseq-count计数后是没有FPKM值的,需要我们通过公式来计算;如果是无参分析的话,使用RSEM...
目前对read count标准化的算法有RPKM(SE), FPKM(PE),TPM, TMM等,不同算法之间的差异与换算方法已经有文章进行整理和吐槽了。但是,有一些下游分析的软件会要求是输入的count matrix是原始数据,未经标准化,比如说DESeq2,这个时候你需要注意你上一步所用软件会不会进行标准化。