-o | --samout 输出一个sam文件,该sam文件的比对结果中多了一个XF标签,表示该read比对到了某个feature上。 -q | --quiet 不输出程序运行的状态信息和警告信息。 -h | --help 输出帮助信息。 htseq-count 的三种比对模式 union, intersection-strict and intersection-nonempty 对照示意图可以选择自己需要的模...
如果出现大数量级的no_feature,你自己就应该明白有问题了! 最后htseq-counts使用的时候有一些参数尤其需要注意: 软件官网说明书:http://www-huber.embl.de/HTSeq/doc/count.html 参考gtf文件可以是gencode或者是ensembl数据库的,但是尤其要注释chr的问题,而且版本问题,gtf/gff格式无所谓。比对后的文件一定要进行sor...
在BAM文件,包含了比对上的reads和没有比对上的reads, 只有比对上的reads 会用来计数,htseq-count默认会根据mapping的质量值对BAM文件进行过滤,默认值为10, 意味着只有mapping quality > 10的reads才会用来计数,当然可以通过-a参数来修改这个阈值。 能够明确reads属于一个featurer时,比如示意图种的第一种情况,reads完...
HTSeq是一个python包,所以可以直接整合到python流程中,但今天我们直接在命令行中使用其中的可执行文件。如下图所示,HTSeq有多种功能,但今天我们只用其中的htseq-count来进行基因定量。 这里需要注意的是,htseq-count用法是,基于比对后的测序数据和基因feature列表,数有多少reads分别比对到每个feature上。 feature这里指...
另外,HTSeq也提供了两个脚本文件能够直接处理数据:htseq-qa(检测数据质量)和htseq-count(reads计数)。 用法:htseq-count [options] <alignment_file> <gff_file> <alignment_file>: contains the aligned reads in the SAM format. Make sure to use a splicing-aware aligner such as TopHat. ...
htseq-count \ -f bam \ -r name \ -s no \ -a 10 \ -t exon \ -i gene_id \ -m union \ --nonunique=none \ -o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count...
htseq-count的使⽤和参数 Usage：htseq-count [options]参数说明 -m 计数模型，统计reads的时候对⼀些⽐较特殊的reads定义是否计⼊。包括：默认的union和intersection-strict、intersection-nonempty具体说明如图所⽰。-s reads是否匹配到同⼀条链上，默认：yes，可以设置no 、 reverse -t feature type 我...
intersection-nonempty #-t feature type cd /data2/xxx/data3/4htseq nohup htseq-count -f bam -s no / -r name -i gene_id -m union -t exon / -o htseq_NAT.count / /data2/xxx/data3/3hisat2/NAT-RNA_combined_clean_sort.bam / /data2/xxx/index/mm10_genes.gtf >NAT.log 2>&...
If your feature intervals need to be computed, you are probably better off writing your own counting script (provided you have some knowledge of Python). Follow the tutorial in the other pages of this documentation to see how to use HTSeq for this. How should I cite htseq-count in a ...
HTSeq计算counts数有3种模式,如下图所示(ambiguous表示该read比对到多个gene上;no_feature表示read没有比对到gene上): htseq-count对链特异性及非链特异性数据的处理是不同的因此在处理数据前一定要明确目标数据的建库方式(链特异性或非链特异性的)。明确这一关键问题之后就可以进行定量啦!