htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
简介：htseq-count 是一款用于reads计数的软件，他能对位于基因组上的一些单位的reads数进行统计，这里所说的单位主要是指染色体上的一组位置区间（我们常见的就是gene exon）基本用法：输出文件类似于：计数原理：
安装HTseq: pip install HTseq 从STARsolo得到的bam file缺少index,需要先: samtools index SRR11050949Aligned.sortedByCoord.out.bam 然后跑HTseq: htseq-count -f bam -r name -i gene_id -s yes -t gene -…
所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HTSeq-count对于多重比对的reads则是采取舍弃策略。当HTSeq-count选择默认参数(-m 默认模式),那么reads是以下图所示的union的情况进行分配的 除了HTSeq-count工具外,其实也可以使用bedtools工具的multicov进行简单的基因水平定量。其需要一个所...
htseq-count 的三种比对模式 union, intersection-strict and intersection-nonempty 对照示意图可以选择自己需要的模式 我这里使用intersection_nonempty mode HTSeq的输出 HTSeq将Count结果输出到标准输出,其结果示例如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用fe...
htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用fe...
-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
SQL中 count(*)和count(1)的对比,区别 2019-12-22 22:40 −执行效果: 1. count(1) and count(*) 当表的数据量大些时,对表作分析之后,使用count(1)还要比使用count(*)用时多了! 从执行计划来看,count(1)和count(*)的效果是一样的。 但是在表做过分析之后,count(1)会比count(*... ...