tar -xzvf HTSeq-0.9.1.tar.gz## 解压cd HTSeq-0.9.1/python setup.py build python setup.py install--user## 安装cd~/.local/bin/## 进入软件可调用目录 003、测试命令 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~/.local/bin#./htseq-countusage: htseq-count [options] alignment_file gff_file htseq-cou...
接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-count工具来获取每个基因上的count数。所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HTSeq-count对于多重比对的reads则是采取舍弃策略。当HTSeq-count选择默认参数(-m 默认模式),那么reads是以下图所示的union...
使用htseq-count进行定量分析 欢迎关注”生信修炼手册”!和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw cou 数据 默认值 取值 原创 庐州月光 2022-06-21 09:12:57 328阅读 安装ubuntu安装cheese安装ubuntu安装教程 U盘安装Ubuntu16.04 教程(安装全过程,不包含下载)官网:cn.ubuntu/下载连接:位:http://releases.ubu...
3.gnome-session 安装中文语言包(随意) 安装miniconda3(4.6.14版本好使),手动激活环境变量(可选),更换清华镜像源 wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_...
对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 代码语言:javascript 复制 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 htseq-count的设计思想和featurecounts非常类似,也包含了feature和meta-features两个概念。对于转录组数据而言,feature指的是exon, 而meta...
运行结束将产生.count结尾的文件,head查看一下count文件前15行,了解一下数据结构。结构是一个二维矩阵,第一列为Ensemble ID,小数点后面的数字部分为ID版本信息;第二列即为reads数,可理解为表达量。 至此基于Linux系统的RNA-seq数据上游分析流程基本完成;下游分析主要是可视化过程,依赖R语言来实现～ 2.基于Rstudio的...
然后统计下featureCounts结果总count数和HTSeq-count结果的总count数(这个之前转录组学习时已经跑过了) perl-alne'`$sum += $`F[1]; END {print $sum}'feacturCounts.txt #22730409 grep-v'^_'HTSeq-count.txt|perl-alne'`$sum += $`F[1]; END {print $sum}' ...