tar -xzvf HTSeq-0.9.1.tar.gz## 解压cd HTSeq-0.9.1/python setup.py build python setup.py install--user## 安装cd~/.local/bin/## 进入软件可调用目录 003、测试命令 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~/.local/bin#./htseq-countusage: htseq-count [options] alignment_file gff_file htseq-cou...
(1)安装htseq软件 conda install htseq (2)htseq-count ,下载酵母基因注释文件gff格式,或者gtf格式,只要把FTP地址中改成gff,gtf即可。 路径:~/data/yeastproject/ref/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.47.gff3 (3)新建一个文件夹read_count,在analysis目录下 (4)htseq-count 路径:~/analysis/read_aln/3b_...
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数,也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon,gene bodies,genomic bins,chromsomal locations等区间的定量。详见转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count featureCounts主要参数: -a输入GTF/GFF基因组注释文件 -p这个参数是针对...
02 使用featureCounts进行alignment-based的定量 featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数,也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon,gene bodies,genomic bins,chromsomal locations等区间的定量。详见转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count featureCounts主要参数: -a...
conda create-n rna python=3#创建名为rna的软件安装环境 conda info--envs #查看当前conda环境 source activate rna #激活conda的rna环境 转录组分析需要用到的软件列表 质控fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt, trim-galore比对star, hisat2, bowtie2, tophat, bwa, subread计数htseq, bedtools, deepto...
conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools conda install -y salmon source deactivate #注销当前的rna环境 01 数据下载 1. 下载SRA数据 数据下载第一步就遇到了很多障碍,利用aspera下载的时候遇到了这个报错,在网上也没找到很好的解决方法,从周五晚上一直试到周六晚饭前 ...
001、rev + cut -c实现 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt## 测试数据iuwe sdfdsf23438dsfdj saff324355(base) [b20223040323@admin1 test]$ rev a.txt | cut -c1-3|rev## 截取最后三个字符dsf ...
(12)编译安装 (13)数据下载 (14)数据质控 (15)trimatric质控 (16)参考基因组 (17)注释信息下载解读 (18)hisat2建立索引 (19)hisat2文件缩小 (20)sam转bam (21)htseq定量 个性化处理 (22)count标准化比较 (23)count标准化 (24)FPKM计算 (25)TPM计算 ...
conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools conda install -y salmon source deactivate #注销当前的rna环境 01 数据下载 1. 下载SRA数据 数据下载第一步就遇到了很多障碍,利用aspera下载的时候遇到了这个报错,在网上也没找到很好的解决方法,从周五晚上一直试到周六晚饭前 ...
(12)编译安装 (13)数据下载 (14)数据质控 (15)trimatric质控 (16)参考基因组 (17)注释信息下载解读 (18)hisat2建立索引 (19)hisat2文件缩小 (20)sam转bam (21)htseq定量 个性化处理 (22)count标准化比较 (23)count标准化 (24)FPKM计算 (25)TPM计算 ...