knownResults/ directory: 对应knownResults.html 中结果 homerResults.html输出示例 输出结果按照p-value排序,最后一列是一个链接到motif文件的超链接,可以从这个文件中找到包含此motif的其他序列。倒数第二列Best Match/Details 为与de novo motif最匹配的已知motif。Simiar motifs 可链接到与该motif相似的其他motif。
HOMER(Motif富集的超几何优化)是一套用于Motif发现和ChIP-Seq分析的工具。它是一个命令行程序的集合,用于unix操作系统,主要用perl和c++编写。HOMER最初是作为一个从头(de novo)motif发现算法编写的,非常适合在大规模基因组数据中发现8-12 bp的motif。 硬件要求(括号里是推荐的要求): 2+ Gb 内存 (4-8+ Gb),...
对于每个motif,HOMER 计算丰度(包含motif的序列/background sequences), ZOOPS (zero or one occurence per sequence)计数以及使用超几何检验或二项式计算显著性。 4.3 Motif 的结果分析 我们chipseq,找motif的输出文件如下图: 这些输出结果包括: 4.3.1 Motif Files *.motif 文件包含motifs的信息 "*.motif"文件格...
Results.html : de novo motif finding的格式化输出. Results.html :homer.ucsd.edu/homer/mo 寻找RNA序列的motif 寻找DNA序列的motif区别在于:使用 findMotifs.pl和 findMotifsGenome.pl时,要加上 “-rna”参数,从而只寻找RNA+链的motif,并且匹配/显示U而不是T。 !HOMER尚未包含“RNA motif”列表,...
用MACS2软件进行peak calling,也就是找比对结果(bam文件)的peaks,MACS2找到的peaks会存放在生成的*.bed文件里。homer软件找motif需要读取我们这里得到的bed格式的peaks文件。homer软件不仅可以找到motif,还可以注释peaks。 homer软件在读取bed文件时,需要提取对应的列作为输入文件。我们要对MACS找到的peaks记录文件,还需...
HOMER(Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment)用于Motif identification和下一代测序分析,是一款很方便的软件。 *最不方便的地方在于安装… 笔者花了整整两天才部署完,有很多小坑。 一.homer在cygwin的安装 网路上已有很多现成的安装教程资料了.这边仅记录一些在cygwin中安装的问题和解决方法. ...
-len: motif的长度设置,默认8,10,12,越大越消耗计算资源。 -N: 用于motif分析时所需的序列数目,通常当我们设置-len过大,内存不够时,会选择减小-N参数或者-size参数。 三、原理 前面我们说到,HOMER软件可以进行多种类型的motif分析,如promoter motif analysis,基因组位置motif分析(ChIP-seq分析中的motif分析),...
homerResults de novo的motif信息的文件夹 homerResults.html de novo 预测的motifs 从头预测的motif knownResults 已知的motif信息的文件夹 knownResults.html 已知的motifs knownResults.txt motifFindingParameters.txt 运行Homer的各种参数设定 seq.autonorm.tsv 短核苷酸序列自动矫正情况 ...
Finding Instance of Specific Motifs- 对人类和小鼠而言最有用的代码,因为大部分motif已知,没必要做denovo的motif预测。 Motif Databases included in HOMER- HOMER最常使用的一些motif数据库 HOMER的motif格式 jaspar- 最全的转录因子数据库 下载所有human的TF对应的motif:链接 ...
homerResults.html : *de novo *motif finding的格式化输出. homerResults.html 参考:http://homer.ucsd.edu/homer/motif/index.html 3.2 寻找RNA序列的motif 和寻找DNA序列的motif区别在于:使用 findMotifs.pl和 findMotifsGenome.pl时,要加上 “-rna”参数,从而只寻找RNA+链的motif,并且匹配/显示U而不是T。