knownResults/ directory: 对应knownResults.html 中结果 homerResults.html输出示例 输出结果按照p-value排序,最后一列是一个链接到motif文件的超链接,可以从这个文件中找到包含此motif的其他序列。倒数第二列Best Match/Details 为与de novo motif最匹配的已知motif。Simiar motifs 可链接到与该motif相似的其他motif。
knownResults子文件夹:包含knownResults.html网页文件,包括known<#>.motif文件。 (九)理解输出的Motif文件 HOMER的真正输出是“*.motif”文件,其中包含必要的信息,以识别motif的未来实例。它们在findMotifs.pl和findMotifsGenome.pl的输出目录中。一个典型的motif文件看起来是这样的(下面这个是我运行后生成的一个motif...
homerResults de novo的motif信息的文件夹 homerResults.html de novo 预测的motifs 从头预测的motif knownResults 已知的motif信息的文件夹 knownResults.html 已知的motifs knownResults.txt motifFindingParameters.txt 运行Homer的各种参数设定 seq.autonorm.tsv 短核苷酸序列自动矫正情况 参考资料...
为了搜索输入数据中已知Motifs ,HOMER 可以输入已知Motifs 数据,可以使用HOMER 默认的 ("data/knownTFs/known.motifs"),也可以是自己构建("-mknown") 。 3.5.2 筛选每一个Motif 对于每个motif,HOMER 计算丰度(包含motif的序列/background sequences), ZOOPS (zero or one occurence per sequence)计数以及使用超...
为了搜索输入数据中已知Motifs ,HOMER 可以输入已知Motifs 数据,可以使用HOMER 默认的 ("data/knownTFs/known.motifs"),也可以是自己构建("-mknown") 。 3.5.2 筛选每一个Motif 对于每个motif,HOMER 计算丰度(包含motif的序列/background sequences), ZOOPS (zero or one occurence per sequence)计数以及使用超...
. 如何使用HOMER寻找motif? 主要有三种功能: .findMotifs.pl .findMotifsGenome.pl default this will perform de novo motif discovery as well as check the enrichment of known motifs. .scanMotifGenomeWide.pl 我们一 一道来~ 寻找DNA序列的motif 最早是被开发用来寻找CHIP-Seq peaks数据中的...
之后在用homer的时候, 发现没有motif的可视化, 查看log日志发现是缺少了seqlogo, 在python和R中装了也没用, 其实它是包含在weblogo这里的. (在homer官方安装说明中这一段已被设置灰色不再使用,但事实上还是需要使用的).所以这里还要安装几个依赖. 如果cygwin中不提供添加, 就用apt-cyg install yourpackacge和以上...
HOMER Motif Analysis- 根据ChIP-seq和ATAC-seq的peak结果寻找可能binding的motif Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl)- 核心的脚本 Finding Instance of Specific Motifs- 对人类和小鼠而言最有用的代码,因为大部分motif已知,没必要做denovo的motif预测。
We reasoned that both the Vesl-1L and Vesl-2 proteins also interact with mGluRs, because both proteins have a PDZ-like motif and contain the Vesl-1S-conserved region that binds to the receptors. A solution binding assay demonstrated that all these proteins interacted with mGluR1 and mGluR5 ...
上午在朋友圈看到有公众号点名： 好不容易有人搞个公众号活动，就支持一下，毕竟生信技能，都在技能树...