conda安装 conda install -c bioconda hifiasm 1.2. Hifiasm的基础命令 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 参数 -o指定输出文件前缀;-t指定线程;--h1和--h2指定Hi-C数据;后接HiFi数据。 用2>&1...
conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz # no need haplotype hifiasm --pr...
conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz # no need haplotype hifiasm --prim...
先用conda安装gfatools conda install gfatools 接下来也写一个如上的脚本方便使用(假设命名为gfa2fa.sh) #!/usr/bin/env bash if [ -z $1 ]; then echo "$0 <gfa file>" echo "It will generate the fasta file like ${1%.*}.fasta" exit $E_BADARGS fi gfatools gfa2fa ${1} > ${1%.*}...
conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz# no need haplotypehifiasm --primary -o NA12878...
hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 conda install hifiasm 运行hifiasm 纯PacBio HiFi组装 把命令写到一个名为run_hifiasm.sh的脚本里 vim run_hifiasm.sh 只要填入最基本的 hifiasm \ -o test.hifisam \ -t 24 \ /path/to/PacBio/test1.hifi_reads.fastq.gz \ ...
conda(推荐) 代码语言:javascript 复制 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads 代码语言:javascript 复制 hifiasm -o NA12878.asm -t 32 ...
(约2800字)1. Hifiasm基本用法1.1. 安装Hifiasmgit安装 {代码...} conda安装conda install -c bioconda hifiasm1.2. Hifiasm的基础命令命令nohup hifiasm -...
用得非常之多的一款组装软件。安装容易,使用简便,默认参数跑就完事。hifiasm 拼接快速,更好应对重复片段,产生组装集质量高。 基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。 hifiasm组装后不需要polish,简化了组装流程,大大节省了时间。 一、安装 git clone https://git
用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组:(一)简介Hifiasm软件和HiFi数据 下一篇 » 用Hifiasm组装基因组:(二)Hifiasm软件的算法 引用和评论 注册登录 获取验证码 新手机号将自动注册 登录 微信登录免密码登录密码登录 继续即代表同意《服务协议》和《隐私政策》