prefix.hic.p_ctg.gfa:主要contigs的组装图。 prefix.hic.hap1.p_ctg.gfa:haplotype1的完全相位化contigs图,其中每个contigs都被完全相位化。 prefix.hic.hap2.p_ctg.gfa:haplotype2的完全相位化contigs图,其中每个contigs都被完全相位化。 prefix.hic.a_ctg.gfa(使用--primary可选):备用contigs的组装图。 hif...
先用默认参数跑一遍 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 查看hifiasm.log文件,如果k-mer plot只有一个峰代表是纯合子样本,则加-l0参数关闭purge duplication步骤,再跑一遍。 nohup hifiasm -o sample_pref...
hifiasm 的HIC 模式可以分出两套hap1和hap2,而且质量较高,当然如果没有父母本的二代测序,仅用HIC mode分单倍型,在某些区域是有可能由于物种杂合度过低而分不出来的,我用同一套参数组装挂载了两个物种,其中杂合度高的物种分单倍型hap的效果非常好,但另一个杂合度低的物种在调图时遇到了这样的情况 我是将两套...
hifiasm -o HG002.asm --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz HG002-HiFi.fq.gz -h1 HiC一端的数据 -h2 HiC另一端的数据 在这个模式下输出的文件以前缀.hic.后缀的形式输出 #同样的,用awk进行格式的转换 awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'prefix.hic.p_ctg.gfa>prefix.hic.p_ctg.fa2>2.log...
hic -chr chr.txt -r 100000 # -hic > .hic file # -chr > chromosome length (in .hic ...
nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 HiC_1.fq.gz --h2 ample_HiC_2.fq.gz Hifi.fq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 参数 用--h1和--h2指定Hi-C数据。 5. 端对端组装:HiFi+ONT模式(HiFi数据+ONT超长reads数据) 当ONT数据可用时,可以集成超长ONT数据生成端粒到端粒的组装 ...
HiC data integrated Integrated 如果你有HiC数据(测基因组的话大概率会有HiC数据的吧?)可以尝试基于HiC的证据的分型,primary的结果不会有什么变化,但是haplotype的结果会有提高。 hifiasm \ -o test.hifisam_hic \ -t 24 \ --h1 /path/to/HiC/1_R1.fastq.gz --h2 /path/to/HiC/1_R2.fastq.gz \ ...
HapHiC: a fast, reference-independent, allele-aware scaffolding tool based on Hi-C data genome assembly hi-c scaffolding chromosome phasing salsa lachesis t2t haplotype yahs 3d-dna allhic hifiasm Updated Oct 29, 2024 Python applicativesystem / genome-assembly-apptainer Star 0 Code Issues Pull ...
(约2800字)1. Hifiasm基本用法1.1. 安装Hifiasmgit安装 {代码...} conda安装conda install -c bioconda hifiasm1.2. Hifiasm的基础命令命令nohup hifiasm -...
hic Update to 0.19.9 image Aug 14, 2024 hifi Update to 0.19.9 image Aug 14, 2024 hifi_ont Update to 0.19.9 image Aug 14, 2024 LICENSE Initial commit May 20, 2023 README.md Initial commit May 20, 2023 Repository files navigation README MIT license hifiasm-smk Snakemake software repo ...