1. 如果有conda则忽略本条，如果没有conda，先安装conda，强烈建议。2. 创建conda环境（因HiC-Pro需要python版本>=3.7,所以选择安装3.9的版本）conda create -n python39 python=3.9 这样就为HiC-Pro单独设置了一个环境，启动用如下命令：Conda activate python39 退出用如下命令：Conda deactivate 删除用如...
1. 如果有conda则忽略本条,如果没有conda,先安装conda,强烈建议。 2. 创建conda环境(因HiC-Pro需要python版本>=3.7,所以选择安装3.9的版本) conda create -n python39 python=3.9 这样就为HiC-Pro单独设置了一个环境,启动用如下命令: Conda activate python39 退出用如下命令: Conda deactivate 删除用如下命令: ...
首先,要先安装有合适的安装包,去到https://github.com/nservant/HiC-Pro右侧https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases可以提供更多版本。 可以直接下载通过: git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git 此时无需解压缩可直接进入 cd HiC-Pro/ 此时需要先进行conda环境的构建,虽然Github上作者建议...
如果用conda建立的依赖环境,这个文件不需要做任何修改,直接makecongfigure就可以了。 如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境,就去修改config-install.txt文件,指定依赖的位置。 我之所以一直报错,就是用conda安装了运行环境,还去修改了config-install.txt文件,结果不行。
HiCPro分析流程及结果解读 1. 可由conda安装 2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件。看懂了这些准备工作,现在就可以跟我一起来一步步走通Hic数据分析流程啦,首先回忆一下准备工作咯。 conda create -n hic python=2 bowtie2 source activate hic ...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件。看懂了这些准备工作,现在就可以跟我一起来一步步走通Hic数据分析流程啦,首先回忆一下准备工作咯。 代码语言:javascript 复制 conda create-n hic python=2bowtie2 ...
HiC-Pro的运作流程: HiC-Pro下载和环境准备: 我还是把环境变量都装在anaconda里了 #HiC-Pro下载 git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git #环境安装: conda create -n hicpro python2.7 source activate hicpro conda install -y samtools bowtie2 R conda install -y pysam bx-python numpy sc...
conda env create-f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml # 激活 HiC-Pro Python 环境 conda activate HiC-Pro_v3.1.0# 可选,AWSUbuntu 需要安装 apt install g++unzip # 生成配置,执行安装 make configure make 可以从 HicPro Release 页面获取新的版本:https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases注意程序的...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件 。看懂了这些准备工作,现在就可以跟我一起来一步步走通Hic数据分析流程啦,首先回忆一下准备工作咯。 conda create -n hic python=2 bowtie2 source activate hic ...