HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件,能够直接输出后面可视化需要的矩阵文件和.bed文件,换句话说它就是一个封装的数据处理pipeline。 但安装比较麻烦,需要手动修改config。 HiC-Pro的运作流程: HiC-Pro下载和环境准备: 我还是把环境变量都装在anaconda里了 #HiC-Pro下载 git clone https://github.com/nservant...
~/HiC-Pro_3.1.0/annotation ## 需要在annotation文件夹下创建bed ~/HiC-Pro_3.1.0/bin/utils/digest_genome.py -r GATCGATC -o Mus_musculus_MboI.GRCm38.dna.toplevel.bed Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa 4、修改config-hicpro.txt文件 N_CPU = 40 ## 比对软件的路径 BOWTIE2_IDX_PATH = ...
HiC-Pro软件安装(需要的包有点多,些许繁琐) git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git cd ./HiC-Pro vi config-install.txt 修改HiC-Pro目录下的config-install.txt ### ## Paths and Settings-Start editing here!### PREFIX=文件安装位置 BOWTIE2_PATH=bowtie2安装目录 SAMTOOLS_PATH=samtool...
1、工具安装 工具:Hi-CPro 软件:https://github.com/nservant/HiC-Pro 选择最新的安装包下载,按照官网的步骤安装软件及依赖软件。 tar -zxvf HiC-Pro-master.tar.gz cd HiC-Pro-master ## Edit config-install.txt file if necessary make configure make install ...
两个软件安装过程就不说了,可以参考github官方,如果HiC-Pro很难安装依赖的话可以用官方提供的singularity镜像: nservant/HiC-Pro: HiC-Pro: An optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing (github.com) 当前路径文件结构如下: 3.1 获得染色质互作矩阵(HiC-Pro) ...
1 首先第一步需要在电脑中找到并打开360软件管家 2 之后再打开软件的首界面右上角进行搜索 3 在搜索的软件列表中找到“HiClock Pro”软件图标并点击打开 4 最后再打开的界面中选择安装即可使用啦 总结 1 1.打开360软件管家2.搜索“HiClock Pro”3.安装即可 注意事项 请注意资金安全 请注意电脑版本问题 ...
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件 HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x...
HI-TECH PICC,PICc语言编译软件,是研究PIC单片机得力的工具,是PIC12/PIC16系列C语言开发利器,这个版本是从网上搜集来的,请各位下载后自己测试。 破解说明 1、安装HCPIC-pro-9.83 2、安装过程中,提示Select Activate PRO/Standard mode with serial number,随便输入,如111111等。注意把用邮件激活勾选上!!
该分析软件不需要预先设定染色体的数目，提高了精确度。此外在数据输入上还兼容GAF的数据拼接格式，同时还利用Hi-C数据对错误的组装结果进行矫正。 github地址 ：SALSA: A tool to scaffold long read assemblies with Hi-C（ https://github.com/machinegun/SALSA ）。 HiC-Pro ...
HI-TECH具有OCG功能的PRO编译器了解整个程序中所有被使用的变量和指针，以及它们被使用的频率。它为每个...