(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/build_matrix.cpp; mv build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o cutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/cutsite_tri...
如果用conda建立的依赖环境,这个文件不需要做任何修改,直接makecongfigure就可以了。 如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境,就去修改config-install.txt文件,指定依赖的位置。 我之所以一直报错,就是用conda安装了运行环境,还去修改了config-install.txt文件,结果不行。
因为HiC-Pro只支持python2,自带的miniconda3是用python3编辑的,防止后面出现错误,建议安装miniconda2。(这个是之前写的,你也可以使用conda创建python2的虚拟环境) 1.3 依赖软件的安装 conda install-y samtools bowtie2 R conda install-y pysam bx-python numpy scipy 1.4 下载HiC-Pro软件并安装 从github下载最新版...
首先,下载HiC-Pro软件。 wget-c https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz tar-zxvf v3.1.0.tar.gz cdHiC-Pro-3.1.0 然后,构建运行环境,建议采用以下代码在conda环境中安装。conda env create -f environment.yml 含义 conda env create -f environment.yml -p hicpro 配...
很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 但是使用的学员服务器没有配置好,导致我的home目录下面空间不足,所以我挪动了data盘下面的空间,这样就有28T的空间啦。
软件安装：主要是编辑系统文件：PREFIX =/gpfs02/home/jingjing/software/HiC-Pro-master BOWTIE2_PATH =/gpfs01/software/bio/bowtie2-2.2.4 SAMTOOLS_PATH =/gpfs01/software/bio/samtools-1.7 R_PATH =/gpfs02/software/general/R-3.5.0/bin PYTHON_PATH = ~/miniconda2/bin/ CLUSTER_...
1. 可由conda安装 2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 ...
安装HicPro 代码语言:txt 复制 # download hic pro wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz # decompression tar zxf v3.1.0.tar.gz # 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境 conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml ...
# HiC-Pro wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar xzvf v2.11.1.tar.gz cd HiC-Pro-2.11.1make configure make install 安装好之后,需要准备以下几种参考物种的相关文件 1. 酶切图谱 通过软件自带的脚本可以产生基因组对应的酶切图谱,输入内切酶的名称或者酶切位点序列都...
/home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro-h 这样如果输出了帮助文档,说明安装成功哦。 hiclib教程 先看官网readme,如下: 0. Download software and data 1. Map reads to the genome 2. Filter the dataset at the restriction fragment level ...