(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/build_matrix.cpp; mv build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o cutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/cutsite_tri...
因为HiC-Pro只支持python2,自带的miniconda3是用python3编辑的,防止后面出现错误,建议安装miniconda2。(这个是之前写的,你也可以使用conda创建python2的虚拟环境) 1.3 依赖软件的安装 conda install-y samtools bowtie2 R conda install-y pysam bx-python numpy scipy 1.4 下载HiC-Pro软件并安装 从github下载最新版...
首先,下载HiC-Pro软件。 wget-c https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz tar-zxvf v3.1.0.tar.gz cdHiC-Pro-3.1.0 然后,构建运行环境,建议采用以下代码在conda环境中安装。conda env create -f environment.yml 含义 conda env create -f environment.yml -p hicpro 配...
如果用conda建立的依赖环境,这个文件不需要做任何修改,直接makecongfigure就可以了。 如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境,就去修改config-install.txt文件,指定依赖的位置。 我之所以一直报错,就是用conda安装了运行环境,还去修改了config-install.txt文件,结果不行。
1. 可由conda安装 2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 ...
很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: 代码语言:javascript 复制 source activate hic/home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro-h 但是使用的学员服务器没有配置好,导致我的home目录下面空间不足,所以我挪动了data盘下面的空间,这样就有28T的空间啦。
cd HiC-Pro-2.11.1make configure make install 安装好之后,需要准备以下几种参考物种的相关文件 1. 酶切图谱 通过软件自带的脚本可以产生基因组对应的酶切图谱,输入内切酶的名称或者酶切位点序列都可以,用法如下 代码语言:javascript 复制 digest_genome.py-rA^AGCTT-o mm9_hindiii.bed mm9.fasta ...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件 。...Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦,我就不重复写了,大家仔细查看第3讲:流程及软件 。...很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: source activate hi
适用产品: HUAWEI Mate X2(全网通 8gb+256gb、全网通 8gb+512gb),HUAWEI Mate 40 RS 保时捷设计(全网通 12gb+256gb、全网通 12gb+512gb、全网通 8gb+256gb),HUAWEI Mate 40 RS 保时捷设计 典藏版,HUAWEI Mate 40 Pro+,HUAWEI Mate 40 Pro(全网通 8gb+128gb、移动定制 8gb+256gb、全网通 8gb+256gb...
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