$runhic -i ${output}bowtie_results/bwt2/ -o ${output} -c $conf -s proc_hic $runhic -i ${output}bowtie_results/bwt2/ -o ${output} -c $conf -s quality_checks $runhic -i ${output}hic_results/data/ -o ${output} -c $conf -s merge_persample $runhic -i ${output}hic_r...
juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这种格式的详细信息...
HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件,能够直接输出后面可视化需要的矩阵文件和.bed文件,换句话说它就是一个封装的数据处理pipeline。 但安装比较麻烦,需要手动修改config。 HiC-Pro的运作流程: HiC-Pro下载和环境准备: 我还是把环境变量都装在anaconda里了 #HiC-Pro下载 git clone https://github.com/nservant...
(1)需要数据:Hi-C 交互矩阵:N * N 的矩阵 由第二步得到的 Hi-C 数据是这样的格式(中间以 tab 分割) (2)软件包:tadbit https://github.com/zilhua/tadbit 官方网站:/TADbit/ (3)计算代码: 1. #!/user/bin/python 2. # -*- coding:UTF-8 -*3. ''' 4. Created on ${date} 5. @author...
HiCUP是一款经典的Hi-C数据预处理软件,官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/ 数据处理的流程示意如下 首先通过hicup_truncater识别原始序列中的junction reads, 最典型的Hi-C的reads如下所示 ...
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件 HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x...
HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具,能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。 HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对,然后进行合并,根据合并的结果筛选有效配对。之后有效配对用于构建contact maps. ...
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件 欢迎关注”生信修炼手册”! HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x...
juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这种格式的详细信息...
[5] How to analyze Hi-C data with Juicer and scaffold your genome assembly using 3D-DNA 介绍: 从上图我们看到Juicer相比其他软件还是蛮有优势的。文章中介绍突出的两个优点是(1)流程化,使用简单。(2)高性能,平行计算,对大数据友好。 软件安装 ...