Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相结合而产生的一种新技术。通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起从而固定DNA的构象,并进行酶切、生物素引入、酶连和提取,然后对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序,最终通过对测序数据进行分析即可揭示染色体片段间的交...
Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相结合而产生的一种新技术。通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起从而固定DNA的构象,并进行酶切、生物素引入、酶连和提取,然后对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序,最终通过对测序数据进行分析即可揭示染色体片段间的交...
A1:建议客户自行固定后送样,目的是保护运输途中染色质的完整性;根据项目经验来看送来给公司固定的细胞数据不稳定,经常会出现酶切率低、trans比高的问题,而且冻存送过来的细胞交联过程中会发生聚团现象,细胞容易粘枪头。 Q2:Hi-C推荐测序深度为多少?? A2:一般互作、TAD、区室层级分析推荐100X,因为测序深度越高,分...
通过对细胞核内有染色质互作信息的片段进行高通量测序和分析,获得全基因组范围内的空间相互信息,可用于发现三维空间中的远程调控元件,揭示空间结构调控基因功能发挥的机制。 测序参数:BGI/illumina PE150 100-300x测序深度 生信分析: 1. 互作矩阵 2. 分辨率评估 3. 距离与互作强度关系分析 4. Compartment结构分析 ...
Hi-C:提供了一个真正全基因组范围的相互作用图谱(该图谱的分辨率取决于测序的深度)——all vs all。 Hi-C之技术流程 Hi-C的主要原理是将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析,即可揭示染色体片段间...
测序深度评估: 评估单个细胞的测序深度是否足以覆盖基因组的大部分区域。对于单细胞Hi-C而言,通常需要更高的测序深度以获得可靠的空间接触频率。 覆盖度和有效互作对评估: 计算有效互作对的数量(即成功映射到参考基因组的互作对),以及有效互作对覆盖的基因组百分比。
Hi-C:提供了一个真正全基因组范围的相互作用图谱(该图谱的分辨率取决于测序的深度)——all vs all。 Hi-C之技术流程 Hi-C的主要原理是将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析,即可揭示染色体片段间的交互信息,阐述染色体三维构象。
相比二代WGS,Hi-C对SV的识别不依赖于测序reads对SV断点的直接覆盖,因而能够在较低测序深度下检测位于复杂基因组区域的SV,尤其是基因组重复区域(例如,着丝粒区域、异染色质区域或序列同源性较高区域)。而针对CNV和易位等大型结构变异(>1 Mb)[3]和复杂的结构变异,Hi-C技术具有明显的检测优势。
对于植物样本,尤其是大基因组的植物样本,其unique mapped的比例可能较低,此时为了达到足够的数据量,需要提高测序深度;然而如果对于人、鼠等动物样本,如果unique mapped ratio较低则可能是实验原因。 在unqiue mapped数据过滤步骤中dangling ends 过高可能是末端生物素去除不完全或磁珠洗脱步骤中出现问题所致。如果dump的比...
分析重点为测序数据量实际可达到的分辨率水平,在特定分辨率下,当80% bin的深度达到1000时,那么测序量达到了此分辨率[1],我们将统计不同分辨率下75%、 80%、 90%的bin number达到的最低深度,如下图展示。 不同分辨率深度统计 (纵坐标:深度,蓝色代表90%的bin number可达到的最低深度,黄色表示80%的bin number可...