染色体构象捕获碳拷贝(Chromosome conformation capture carbon copy,5C) ,可以检测某段区域内所有的互作,但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。6 Hi-C(全部互作) 高通量基因组捕获技术,基本解决了上述技术的缺点,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 2、基于免疫沉淀技术 ...
染色体构象捕获碳拷贝(Chromosome conformation capture carbon copy,5C) ,可以检测某段区域内所有的互作,但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。 Hi-C(全部互作) 高通量基因组捕获技术,基本解决了上述技术的缺点,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 2、基于免疫沉淀技术 Ch...
使用超声波或其他方式,再次打断片段。 6、上机测序 用磁珠将带生物素的捕获,制作文库,上机测序。 三、三维基因组检测技术比较 下图展示了目前主流三维基因组测序技术3: 1、C技术 3C(一对一) 基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C)是最早研究三维基因组的技术,需要提前知...
Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析,研究不同物种基因组空间结构(compar...
Hi-C测序技术的优势: 1. 通过Scaffold间的交互频率大小,可以对已组装的基因组序列进行纠错(基因组更准确)。 2. 基因信息不再仅仅是contig片段,而是被划分至染色体上,成为染色体水平。 3. 无需辛苦的构建群体,单一一个体就能实现染色体定位。 4. 相比遗传图谱,标记密度更大,序列定位更完整(能把更多的contig挂至染...
1. 甲醛固定：Hi-C技术的第一步是使用甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固，一般将活体样本在室温用1-3%的甲醛处理10-30分钟。这一步骤对于固定DNA的构象至关重要。2. 酶切序列：接着，使用限制性内切酶切割基因组，打断后的片段大小会影响测序分辨率。常用的限制性内切酶如EcoR1或HindIII，用于每4000bp...
1.Hi-Fi 测序数据示例 Hi-Fi 测序主要生成长读长的序列数据,其格式通常为FASTQ格式,包含序列的碱基信息和质量值。每条序列由四行组成: 第一行:以@开头,表示序列的标识符。 第二行:实际的DNA碱基序列(如AGCTTGA...),长度通常较长,可以达到几千到几万碱基(Hi-Fi测序是长读长)。
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
hi c三代测序原理 Hi-C是一种染色质区域捕获与高通量测序相结合的新技术。其原理是通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起,从而固定DNA的构象。然后进行酶切、生物素引入、酶连和提取,对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序。通过对测序数据进行分析,可以揭示染色体片段间的交互信息,仅利用单个个体就可以将基因组...