(2)同一染色体上的测序序列对的交互频率显著大于来自不同染色体上测序序列对的交互频率[3]。 规律(1)可以用于对重叠群进行定序和定向; 规律(2)可以用于对单倍体重叠群进行聚类,将重叠群分配到不同的染色体上。 利用Hi-C 数据的这两个基本特性,可以将 Hi-C 测序数据应用到基因组序列组装和大型结构变异检测上。
1.人全血Low-input样本HiFi数据 试测样本起始量分布在0.6 μg-1.3 μg范围，在所有试测样本中（...
组合分析：将 HiFi、Hi-C 和 DNB 数据的结果进行组合分析，通常采用以下步骤：将 Hi-C scaffold 和 ...
转录组测序数据显示,DNBSEQ-T7平台测序样本相关性大于97%,共有基因比例均超过97%,Up/Down差异一致性分析结果高度一致。 唐四东先生 安诺优达生产交付中心总经理唐四东先生表示:“安诺优达是国内率先大规模引进建设DNBSEQ-T7平台并进行一列应用...
Hi-C测序技术已成为研究者们解析三维基因组学的利器,为研究基因的转录表达调控机制提供了新思路,目前已经用于包括细胞周期、人及动植物发育和疾病的发生发展等方面的研究。 问题来啦,Hi-C技术是如何解析基因组的三维信息,又是如何通过测序数据来解析基因组三维调控信息的?本期在线交流主讲HiC-Pro、HiTC的应用和Hi-C...
Hi-C测序技术已成为研究者们解析三维基因组学的利器,为研究基因的转录表达调控机制提供了新思路,目前已经用于包括细胞周期、人及动植物发育和疾病的发生发展等方面的研究。 问题来啦,Hi-C技术是如何解析基因组的三维信息,又是如何通过测序数据来解析基因组三维调控信息的?本期在线交流主讲HiC-Pro、HiTC的应用和Hi-C...
Illumina_HiSeq_2000高通量测序结果分析你好,最近在看TCGA数据库,其中raw_count,scaled_estimate,normalized_count,没能看明白什么意思,分别代表什么,我想做转录水平基因表达差异分析,需要用到哪些数据. 扫码下载作业帮搜索答疑一搜即得 答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 raw_count应该是某个转录本/基因的测到的...
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数据定制的计算方法,可从少量单细胞中以高分辨率和高准确度识别染色质环。
虽然当读取深度小于50 Mb时环路信号很难识别,但从低深度Hi-C数据得到的增强热图几乎是相同的。当将增强的热图与完整数据(~ 3.8亿个中端顺式接触)进行比较时,发现当读取深度降低到1亿个时,性能没有下降(像素级再现性>70%),即使测序深度降低到1250万,像素级的重复性仍保持在>50%。研究团队还用来自H9 hESCs的...
利用Hi-C 技术测序时,首先空间上距离相近的染色质被甲醛分子固定在一起,然后染色体上的序列被特定的限制性内切酶剪切,产生的切割位点通过连接酶连接并进行标记,然后 DNA 分子经纯化、获取被标记位点的序列,最后经二代高通量测序就可以获得标记位点的序列(图 1-5)[1]。