染色体构象捕获碳拷贝(Chromosome conformation capture carbon copy,5C) ,可以检测某段区域内所有的互作,但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。6 Hi-C(全部互作) 高通量基因组捕获技术,基本解决了上述技术的缺点,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 2、基于免疫沉淀技术 ...
覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。 Hi-C(全部互作) 高通量基因组捕获技术,基本解决了上述技术的缺点,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 2、基于免疫沉淀技术 ChIP-loop 该技术将 3C 与 ChIP-seq 结合,可以检测目的蛋白质介导的两个目的基因区域互作。 ChIA-PET 该技术将 HiC 与 ChIP...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin) ...
Hi-C与其他三维基因组技术特点 HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping...
Hi-C测序技术的优势: 1. 通过Scaffold间的交互频率大小,可以对已组装的基因组序列进行纠错(基因组更准确)。 2. 基因信息不再仅仅是contig片段,而是被划分至染色体上,成为染色体水平。 3. 无需辛苦的构建群体,单一一个体就能实现染色体定位。 4. 相比遗传图谱,标记密度更大,序列定位更完整(能把更多的contig挂至染...
Hi-C(High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状...
Hi-C是一种分析染色体空间构象的高通量测序技术,它有助于研究者理解染色体三维空间结构、染色体之间相互作用以及基因表达的空间调控机制,相关结果深化了对组织发育和癌症发生等过程的认识。而这种技术的诞生,缘起于科学家对染色体及其结构持续不断的探索。 染色体是一种存在于...
Hi-Fi 测序是由PacBio(Pacific Biosciences)开发的高保真长读长测序技术,基于SMRT(Single Molecule Real-Time)测序平台。 Hi-C (High-throughput Chromosome Conformation Capture) Hi-C是一种用于研究染色体三维结构的技术,能够捕获基因组中不同区域的物理接触信息,帮助绘制染色体折叠结构和基因组架构。