1. Hi-C辅助组装原理 Hi-C技术实际分析的是基因组染色体上各位点间的互作概率。Lieberman-Aiden的文章中说明了基因组上互作概率的两个重要特征。如下图1所示：A）同一条染色体内的基因互作（顺式互作）远高于不同染色体间的互作（反式互作）。B）同一条染色体内部，两点间距离越远，互作概率越低。图1. 基因组...
高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术共产生120.4Gb的数据,用于构建染色体水平的基因组,使用3D-DNA软件将97.8%(479.1Mb)的数据映射到11条染色体上,获得41.6Mb的scaffold N50。与之前发表的基因组组装相比,这种更新的基因组组装显著提高了421倍的连续性指标(通过重叠群N50)。目前的组装还通过将重叠群的总数从25226减少到32...
然而Hi-C辅助基因组组装无需遗传图谱,单个个体就能将scaffold定位到染色体上,基因组组装提升至染色体水平。 Hi-C技术源于染色体构象捕获技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。基于Hi-C数据中染色质片段间的交互强度...
北极狐(Vulpes lagopus)是北极地区唯一的狐狸物种,已经适应了其极端气候条件。目前,其适应极端气候的分子基础尚未明确。在这里,我们施加PacBio测序和染色体结构捕获技术来组装第一V。兔基因组组装,组装成染色体片段。基因组组装总长度为 2.345 Gb,contig N50 为 31.848 Mb,支架 N50 为 131.537 Mb,由 25 个假染色体...
成功案例一:“ONT+Illumina+脉冲电泳”得到染色体水平柑橘链格孢褐斑病致病菌Alternaria alternata Z7的真菌完成图 期刊:MPMI(Molecular Plant-Microbe Interactions) 影响因子:4.171 发表时间:2021.7 合作单位:浙江大学 研究方法:三代测序(ONT)(百迈客提供)+二代测序(Illumina)+脉冲电泳 ...
Hi-C辅助组装是将已有的二代、三代或光学图谱辅助组装的基因组草图序列进行染色体群组的划分,确定各序列在染色体上的顺利和方向,使基因组组装提升到染色体水平的技术。这篇文章将带你对Hi-C辅助组装进行深入的了解。 1.什么是Hi-C技术? Hi-C(High-throughput chromosome conformation capture)技术是由染色体构象捕获...
染色体级别基因组组装(Hi-C)建库 上海凌恩生物科技有限公司 仪器种类:型号:染色体级别基因组组装(Hi-C)建库 详细参数和报价申请演示询 价 产品简介 Hi-C源于染色体构象捕获(Chromosome Confromation Capture,3C)技术,是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DN...
方法:本文利用利用牛津纳米孔技术(ONT)和Hi-C技术,利用单分子长读取测序和从头重组装技术,建立了赤斑石斑鱼Epinephelus akaara(E. akaara)染色体水平参考基因组。 结果:赤斑石斑鱼基因组1.135GB是由106.29GB的多聚纳米孔序列(GridION, ONT)组装而成,相当于基因组覆盖率的96倍。组装后的基因组完整率为96.8%,连续N5...
Hi-C源于染色体构象捕获(Chromosome Confromation Capture,3C)技术,是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 结合多种测序测序手段,Hi-C技术可在单样本内实现辅助基因组组装,排序及定向,使“染色体级别...
Hi-C源于染色体构象捕获(Chromosome Confromation Capture,3C)技术,是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 结合多种测序测序手段,Hi-C技术可在单样本内实现辅助基因组组装,排序及定向,使“染色体级别...