经过优化处理，他们最终获得了假单倍体基因组的组装结果，其大小为162.15Mb，且contig N50提升至4.3Mb，这意味着基因组的连续性和完整性得到了进一步的增强。同时，BUSCO完整性也略有提升，达到97.8%，其中单拷贝基因占比上升至95.8%，重复基因占比下降至2.0%，为后续的遗传学和生物学研究提供了更为精细的...
染色体水平组装基因组是指通过将测序读段按照染色体上的位置进行组装,重建出完整的染色体序列。相比于传统的基因组组装方法,染色体水平组装基因组能够提供更长的连续序列,有助于揭示基因组的结构和功能。 染色体水平组装基因组的原理是利用测序技术对DNA分子进行测序,并根据测序结果将读段按照染色体上的位置进行组装。首先...
图1. 基因组互作概率特征 利用此特征，Burton等人建立了一套基于Hi-C技术的基因组组装与提升方法。这套方法基本流程如图2所示。首先，利用染色体内互作概率高于染色体间互作这一特征，将contigs分组，分配到不同的染色体中。然后利用染色体内部距离越近互作概率越高这一特征，将contigs排序并进一步确定方向。图2. Hi-C...
今天,小派隆重地宣布,即日起推出染色体级别和T2T级别真菌基因组组装项目,让我们一起打开一个充满无限可能的真菌新世界吧。 1、产品介绍 真菌Denovo-染色体:通过采用二代,三代加HiC的测序策略,不依赖已知的参考基因组序列,实现染色体级别的真菌精细图组装。 真菌Denovo-T2T:在常规染色体级别基因组测序策略上增加超长ONT...
基因组组装是指将测序得到的短片段(reads)拼接成较长的序列(contigs),再将contigs进一步连接成染色体水平的基因组序列。基因组组装到染色体水平的好处有以下几点: 染色体水平的基因组序列可以更完整地反映基因组的结构和功能,包括端粒、着丝粒、串联重复序列、基因簇等复杂区域,这些区域在低水平的基因组序列中往往存在缺失...
浙江省农业科学院水生生物研究所水产育种团队与浙江省淡水水产研究所、湖州师范学院合作,首次完成宽鳍鱲(Zacco platypus)染色体水平参考基因组组装,并对基因组进行了结构和功能注释。研究结果于2024年3月27日在线发表于Nature Research旗下刊物Scientific Da...
中国农科院植保所农业入侵生物预防与监控创新团队首次完成南亚果实蝇Zeugodacus tau染色体水平参考基因组组装,并对基因组进行了结构和功能注释。这一研究成果对了解南亚果实蝇的遗传学、生态学和进化生物学具有重要意义,为防控南亚果实蝇的以及其他近缘物种...
工人日报客户端记者 黄哲雯 近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所肥料及施肥技术团队完成首个豆科绿肥紫云英染色体水平参考基因组组装，并利用比较基因组学解析了紫云英共生结瘤的遗传基础。该研究填补了豆科绿肥作物基因组学研究的空白，为豆科植物与根瘤菌共生提供了新的见解。据介绍，紫云英又名红花草、翘摇等，...
在国际知名期刊Cell(IF:41.582)在线发表了题为“The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution”的研究文章,研究者对油松进行了染色体水平的基因组组装和注释,绘制了油松基因组的染色体甲基化图谱,为油松独特适应性和发育研究、生殖生物学研究及基因组辅助育种进化和基因组学研究提供...
新京报讯（记者 周怀宗）近日，记者从中国农业科学院获悉，我国科研人员完成了首个豆科绿肥作物紫云英的染色体水平参考基因组组装，并在此基础上，解析了紫云英共生结瘤的遗传基础，研究由中国农科院农业资源与农业区划研究所肥料及施肥技术团队完成，相关成果发表在《植物通讯（Plant Communications）》上。紫云英是豆科黄耆...