经过优化处理，他们最终获得了假单倍体基因组的组装结果，其大小为162.15Mb，且contig N50提升至4.3Mb，这意味着基因组的连续性和完整性得到了进一步的增强。同时，BUSCO完整性也略有提升，达到97.8%，其中单拷贝基因占比上升至95.8%，重复基因占比下降至2.0%，为后续的遗传学和生物学研究提供了更为精细的基...
染色体水平组装基因组是指通过将测序读段按照染色体上的位置进行组装,重建出完整的染色体序列。相比于传统的基因组组装方法,染色体水平组装基因组能够提供更长的连续序列,有助于揭示基因组的结构和功能。 染色体水平组装基因组的原理是利用测序技术对DNA分子进行测序,并根据测序结果将读段按照染色体上的位置进行组装。首先...
Xie Ting等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。他们采用约102 M PE reads的Hi-C数据对拟南芥的原始基因组数据（1705个Scaffolds，total length：112.61 Mb，N50：341.63 kb）进行了辅助组装并与拟南芥参考基因组比较。结果如图3所示：Scaffolds分配到染色体的准确率达到97%，而排序的正确率可以达到95%。
真菌Denovo-染色体:通过采用二代,三代加HiC的测序策略,不依赖已知的参考基因组序列,实现染色体级别的真菌精细图组装。 真菌Denovo-T2T:在常规染色体级别基因组测序策略上增加超长ONT,轻松跨越复杂结构,实现端粒和着丝粒的分析,得到高质量的0 gap 基因组。 2、产品优势 相对于传统的真菌产品,真菌Denovo-染色体和真菌De...
团队研究人员采用PacBio长读长测序结合Hi-C测序辅助组装技术完成了宽鳍鱲染色体水平基因组组装与校正,获得宽鳍鱲基因组大小为814.87Mb,Scaffolds N50为32.32 Mb,98.64%的Contigs挂载到24条染色体。重复序列注释得到的重复元件占基因组的52.35%,结构注释共...
中国农科院植保所农业入侵生物预防与监控创新团队首次完成南亚果实蝇Zeugodacus tau染色体水平参考基因组组装,并对基因组进行了结构和功能注释。这一研究成果对了解南亚果实蝇的遗传学、生态学和进化生物学具有重要意义,为防控南亚果实蝇的以及其他近缘物种...
基因组组装是指将测序得到的短片段(reads)拼接成较长的序列(contigs),再将contigs进一步连接成染色体水平的基因组序列。基因组组装到染色体水平的好处有以下几点: 染色体水平的基因组序列可以更完整地反映基因组的结构和功能,包括端粒、着丝粒、串联重复序列、基因簇等复杂区域,这些区域在低水平的基因组序列中往往存在缺失...
近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能成分与综合利用创新团队与中国水稻研究所、深圳农业基因组研究所等单位联合，完成首个中国菰染色体水平基因组组装，并通过共线性分析和转录组测序鉴定到中国菰落粒性相关基因。该研究为中国菰落粒性基因编辑提供了候选靶点，有助于加速中国菰落粒性的定向驯化改良。相关研究成果发表...
工人日报客户端记者 黄哲雯 近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所肥料及施肥技术团队完成首个豆科绿肥紫云英染色体水平参考基因组组装，并利用比较基因组学解析了紫云英共生结瘤的遗传基础。该研究填补了豆科绿肥作物基因组学研究的空白，为豆科植物与根瘤菌共生提供了新的见解。据介绍，紫云英又名红花草、翘摇等，...
近日,中国农业科学院烟草研究所烟草功能成分与综合利用创新团队与中国水稻研究所、深圳农业基因组研究所等单位联合,完成首个中国菰染色体水平基因组组装,并通过共线性分析和转录组测序鉴定到中国菰落粒性相关基因。该研究为中国菰落粒性基因编辑提供了候选靶点,有助于加速中国菰落粒性的定向驯化改良。相关研究成果发表在...