Hi-C原始数据通常以FASTQ [5]格式生成,这是一种广泛用于存储原始测序数据的标准格式。FASTQ是一个文本格式,最初在惠康基金会桑格研究所开发,用于存储原始测序读数以及它们的质量分数。将原始序列与参考基因组序列进行对齐后,结果通常以序列比对映射(SAM)或二进制比对映射(BAM)格式存储,这些是1000 Genomes项目 [6]最...
cat merge_abs.bed |awk '{if($1=="'${i}'") print $0}' | awk 'BEGIN{OFS=""}{print "REV_",$4,"|mm10|","'${i}'",":",$2,"-",$3}' > cworld_header_x.${i}.header sed 's/REV/FOR/' cworld_header_x.${i}.header > cworld_header_y.${i}.header done step 2 :...
: -r<comma-separatedlistofresolutions>Only calculate specific resolutions [not set] : -t<tmpDir>Set a temporary directory for writing : -s<statisticsfile>Add the text statistics file to the Hi-C file header : -g<graphsfile>Add the text graphs file to the Hi-C file header : -n Don't...
.hic格式是一种压缩的二进制格式，用于存储多个分辨率下的接触矩阵、归一化向量和元数据。.cool和.mcool格式由4DN DCIC开发，提供灵活性和可读性，用于多种分辨率的矩阵存储。其他稀疏矩阵格式如HiC-Pro生成的文本文件，用于可视化和进一步分析。此外，环、区域和区段的文件格式主要取决于用于调用这些特征的...
总结HicPro输出数据格式，包括：1. hicpro格式，包含两个部分。2. 密度矩阵，为裸矩阵加上行和列名称的大型矩阵，例如4x4的矩阵。3. Dixon等人计算DI的矩阵格式。4. cworld-dekker矩阵，即裸矩阵加上头信息。5. cool格式，适用于cooler软件。6. ginteraction格式。后续分析时，可根据需求选择合适的...
define BaseState.java MultiState.java State.java upload Base64Uploader.java BinaryUploader.java StorageManager.java Uploader.java 6 changes: 5 additions & 1 deletion 6 .gitignore Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -3,7 +3,11 @@ ### .idea log upload js...
题目float型数据通常用IEEE 754单精度浮点数格式表示。若编译器将float型变量x分配在 一个32位浮点寄存器[1]FR1中,且x=,则FR1的内容是 A. C104 0000H B. C242 0000H C184 0000H D. C1C2 0000H E. 。x的二进制[2]表示为﹦ 01×211 根据IEEE754标准隐藏最高位的 “1”,又E-12...
由于HIC数据目前很难用一个软件就能将全套流程全部分析完,从数据预处理到后续的TAD计算,loop计算等需要用到众多软件,但是在数据格式方面,各大软件又不一致,所以要进行很多的数据格式转换,本文整理一下HicPro数据结果如何对接其他Hi-C后续分析。 一、hicpro得到的数据 ...